要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// URL(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ chippeakanno”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。
该包适用于生物导体的2.9版;对于稳定的最新版本,请参阅Chippeakanno。
生物导体版本:2.9
该软件包包括以检索峰周围序列,获得富集基因本体(GO)术语,找到最近的基因,外显子,miRNA或自定义特征(例如大多数保守元素以及用户提供的其他转录因子结合位点)的功能。从2.0.5开始,已经添加了新功能,以查找具有摘要统计数据(峰值nearbdp)的双向启动子的峰值,以汇总峰(SummarizepatterninInpeaks)中的基序的发生,并将其他IDS添加到带注释的峰或富集的峰(Addgeneids)()。此软件包利用Biomart,Iranges,BioStrings,BSGENOME,GO.DB,MULTETEST和STAT软件包
作者:Lihua Julie Zhu,Herve Pages,Claude Gazin,Nathan Lawson,Jianhong OU,Simon Lin,David Lapointe和Michael Green
维护者:Lihua Julie Zhu
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):
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Browsevignettes(“ Chippeakanno”)
chippeakanno.pdf | ||
参考手册 |
生物浏览 | 注解,,,,芯片,,,,chipseq,,,,软件 |
版本 | 2.2.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.5(R-2.10)(6。5年) |
执照 | GPL(> = 2) |
要看 | Biomart,,,,多检验,,,,iranges,,,,生物弦,,,,BSGENOME,,,,bsgenome.ecoli.ncbi.20080805,,,,go.db,,,,org.hs.eg.db,,,,林玛,,,,GPLOTS |
进口 | GPLOTS,,,,Biomart,,,,多检验,,,,iranges,,,,生物弦,,,,BSGENOME,,,,go.db,,,,林玛,,,,AnnotationDbi |
链接 | |
建议 | |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | ggtut,,,,redseq |
进口我 | redseq |
建议我 | ggtut,,,,Onechannelgui |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
包源 | chippeakanno_2.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | chippeakanno_2.2.0.zip |
Mac OS X 10.6(雪豹) | |
Mac OS X 10.9(Mavericks) | |
颠覆源 | (用户名/密码:ReadOnly) |
git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/chippeakanno/tree/release-2.9 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/chippeakanno/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |