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这个包是2.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅rnaSeqMap。

rnaSeq分析使用xmapcore数据库

Bioconductor版本:2.8

为RNAseq数据提供了分析手段,从运用与基因组注释一起使用。需要一组BAM文件输入或者xmapcore数据库MySQL作为后端,这也是一个存储顺序读取。前端分析包括覆盖函数的转换、剪接分析,发现不可约的地区two-sliding-windows可视化算法和基因组区域。

作者:安娜Lesniewska < alesniewska cs.put.poznan.pl >;米甲Okoniewski <米甲在fgcz.ethz.ch >

维护人员:米甲Okoniewski <米甲在fgcz.ethz.ch >

安装

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文档

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PDF		rnaSeqMap.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	注释,生物信息学,DifferentialExpression,GeneExpression,HighThroughputSequencing,RNAseq,ReportWriting,圣人,软件,转录,可视化
版本	2.7.12
Bioconductor自	BioC 2.7 (r - 2.12)(5.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R(> = 2.11.0)、方法xmapcore,Biobase,Rsamtools
进口	GenomicRanges,IRanges,刨边机,DESeq,DBI,RMySQL(0.6 > = 0)
链接
建议
SystemRequirements
增强了
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	rnaSeqMap_2.7.12.tar.gz
Windows二进制	rnaSeqMap_2.7.12.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Mac OS X 10.9(小牛)
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/rnaseqmap/tree/release - 2.8
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rnaSeqMap/
包下载报告	下载数据