安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“rnaSeqMap”)

在大多数情况下,您不需要下载包存档。

rnaSeqMap

这个包是2.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅rnaSeqMap

rnaSeq分析使用xmapcore数据库

Bioconductor版本:2.8

为RNAseq数据提供了分析手段,从运用与基因组注释一起使用。需要一组BAM文件输入或者xmapcore数据库MySQL作为后端,这也是一个存储顺序读取。前端分析包括覆盖函数的转换、剪接分析,发现不可约的地区two-sliding-windows可视化算法和基因组区域。

作者:安娜Lesniewska < alesniewska cs.put.poznan.pl >;米甲Okoniewski <米甲在fgcz.ethz.ch >

维护人员:米甲Okoniewski <米甲在fgcz.ethz.ch >

从内部引用(R,回车引用(“rnaSeqMap”)):

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“rnaSeqMap”)

文档

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PDF rnaSeqMap.pdf
PDF 参考手册

细节

biocViews 注释,生物信息学,DifferentialExpression,GeneExpression,HighThroughputSequencing,RNAseq,ReportWriting,圣人,软件,转录,可视化
版本 2.7.12
Bioconductor自 BioC 2.7 (r - 2.12)(5.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R(> = 2.11.0)、方法xmapcore,Biobase,Rsamtools
进口 GenomicRanges,IRanges,刨边机,DESeq,DBI,RMySQL(0.6 > = 0)
链接
建议
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源 rnaSeqMap_2.7.12.tar.gz
Windows二进制 rnaSeqMap_2.7.12.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Mac OS X 10.9(小牛)
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/bioconductor - mirror/rnaseqmap/tree/release - 2.8
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/rnaSeqMap/
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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
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