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这个包适用于Bioconductor的2.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见益生元．

寡核苷酸阵列的预处理工具。

Bioconductor版本:2.8

在探针水平上分析寡核苷酸阵列(表达/SNP/平铺/外显子)的包。它目前支持Affymetrix (CEL文件)和NimbleGen数组(XYS文件)。

作者:Benilton Carvalho ，Rafael A. Irizarry with contributions from Ben Bolstad, Vince Carey, Robert Gentleman, Wolfgang Huber

维护者:Benilton Carvalho

安装

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文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“益生元”)

PDF		V1Overview.pdf
PDF		V2NExpression.pdf
PDF		V3AffySnpGenotype.pdf
PDF		V4Experimental.pdf
PDF		V5ExonGene.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	生物信息学，ChIPchip，CopyNumberVariants，CpGIsland，DNAMethylation，DataImport，DifferentialExpression，ExonArray，GeneExpression，微阵列，OneChannel，预处理，单核苷酸多态性，软件，转录，TwoChannel
版本	1.16.2
在Bioconductor	BioC 2.0 (R-2.5)(9年)
许可证	LGPL (>= 2)
取决于	R (>= 2.13.0)，oligoClasses(> = 1.13.9),preprocessCore(> = 1.13.5)
进口	affyio(> = 1.19.4),affxparser(> = 1.23.1),Biobase(> = 2.11.8),Biostrings，DBI(> = 0.2 5),ff，图形，方法，样条，统计，utils
链接	preprocessCore
建议	hapmap100kxba，pd.mapping50k.xba240，pd.huex.1.0.st.v2，pd.hg18.60mer.expr，maqcExpression4plex，genefilter，limma，RColorBrewer，oligoData
SystemRequirements
增强了	ff，雪
URL
全靠我	斜体，oligoData，pd.081229.hg18.promoter.medip.hx1，pd.2006.07.18.hg18.refseq.promoter，pd.2006.07.18.mm8.refseq.promoter，pd.2006.10.31.rn34.refseq.promoter，pd.ag，pd.barley1，pd.bovine，pd.bsubtilis，pd.canine，pd.canine.2，pd.celegans，pd.charm.hg18.example，pd.chicken，pd.citrus，pd.cotton，pd.cytogenetics.array，pd.drosgenome1，pd.drosophila.2，pd.e.coli.2，pd.ecoli，pd.ecoli.asv2，pd.feinberg.hg18.me.hx1，pd.feinberg.mm8.me.hx1，pd.genomewidesnp.5，pd.genomewidesnp.6，pd.hc.g110，pd.hg.focus，pd.hg.u133.plus.2，pd.hg.u133a，pd.hg.u133a.2，pd.hg.u133a.tag，pd.hg.u133b，pd.hg.u219，pd.hg.u95a，pd.hg.u95av2，pd.hg.u95b，pd.hg.u95c，pd.hg.u95d，pd.hg.u95e，pd.ht.hg.u133.plus.pm，pd.ht.hg.u133a，pd.ht.mg.430a，pd.hu6800，pd.huex.1.0.st.v2，pd.hugene.1.0.st.v1，pd.hugene.1.1.st.v1，pd.maize，pd.mapping250k.nsp，pd.mapping250k.sty，pd.mapping50k.hind240，pd.mapping50k.xba240，pd.medicago，pd.mg.u74a，pd.mg.u74av2，pd.mg.u74b，pd.mg.u74bv2，pd.mg.u74c，pd.mg.u74cv2，pd.mirna.1.0，pd.moe430a，pd.moe430b，pd.moex.1.0.st.v1，pd.mogene.1.0.st.v1，pd.mogene.1.1.st.v1，pd.mouse430.2，pd.mouse430a.2，pd.mu11ksuba，pd.mu11ksubb，pd.pae.g1a，pd.plasmodium.anopheles，pd.poplar，pd.porcine，pd.rae230a，pd.rae230b，pd.raex.1.0.st.v1，pd.ragene.1.0.st.v1，pd.ragene.1.1.st.v1，pd.rat230.2，pd.rg.u34a，pd.rg.u34b，pd.rg.u34c，pd.rhesus，pd.rice，pd.rn.u34，pd.s.aureus，pd.soybean，pd.sugar.cane，pd.tomato，pd.u133.x3p，pd.vitis.vinifera，pd.wheat，pd.x.laevis.2，pd.x.tropicalis，pd.xenopus.laevis，pd.yeast.2，pd.yg.s98，pd.zebrafish，pdInfoBuilder
进口我	魅力，cn.farms，frma，斜体，makePlatformDesign
建议我	frmaTools，hapmap100khind，hapmap100kxba，hapmap500knsp，hapmap500ksty，hapmapsnp5，hapmapsnp6，maqcExpression4plex
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	oligo_1.16.2.tar.gz
Windows二进制	oligo_1.16.2.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Mac OS X 10.9 (Mavericks)
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/oligo/tree/release-2.8
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/oligo/
软件包下载报告	下载数据