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这个包是2.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅光民。

BeadArray Illumina公司甲基化和微阵列表达的具体方法

Bioconductor版本:2.8

光民包提供了一个集成解决方案的Illumina公司微阵列数据分析。它包括功能Illumina公司BeadStudio (GenomeStudio)数据输入,质量控制,BeadArray-specific方差稳定,标准化和基因注释在调查水平。它还包括处理Illumina公司甲基化芯片的功能,尤其是Illumina公司英飞纳姆甲基化芯片。

作者:杜潘,帮派,沃伦·基布,西蒙林

维修工:杜潘< dupan northwestern.edu >

安装

安装这个包,开始R和输入:

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文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“光民”)

PDF		Bioc2007_lumi_presentation.pdf
PDF		IlluminaAnnotation.pdf
PDF		lumi.pdf
PDF		lumi_VST_evaluation.pdf
PDF		methylationAnalysis.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	DNAMethylation,微阵列,OneChannel,预处理,质量控制,软件,TwoChannel
版本	测试盒框
Bioconductor自	BioC 2.0 (r - 2.5)(9年)
许可证	LGPL (> = 2)
取决于	R(> =测试盒框),Biobase(> = 2.5.5),nleqslv
进口	affy(> = 1.23.4),methylumi,注释,Biobase(> = 2.5.5),mgcv(1.4 > = 0),hdrcde,KernSmooth,preprocessCore,RSQLite,DBI,AnnotationDbi,质量、图表、数据、方法
链接
建议	beadarray,limma,vsn,lumiBarnes,lumiHumanAll.db,lumiHumanIDMapping,genefilter,RColorBrewer
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	arrayMvout,lumiBarnes,lumiHumanIDMapping,lumiMouseIDMapping,lumiRatIDMapping,MAQCsubset,MAQCsubsetILM,mvoutData
进口我
建议我	beadarray,IlluminaHumanMethylation450k.db,methylumi
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	lumi_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	lumi_2.4.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Mac OS X 10.9(小牛)
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/lumi/tree/release - 2.8
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/lumi/
包下载报告	下载数据