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这个包是2.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ShortRead。

高通量测序短内容数据的类和方法。

Bioconductor版本:2.8

基类、函数和高通量的方法表示,短内容测序数据。

作者:马丁·摩根,迈克尔·劳伦斯,西蒙安德斯

维护人员:Biocore团队c / o BioC用户列表< bioconductor在stat.math.ethz.ch >

安装

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PDF		Overview.pdf
PDF		ShortRead_and_HilbertVis.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	DataImport,HighThroughputSequencing,质量控制,测序,软件
版本	1.10.4
Bioconductor自	BioC 2.3 (r - 2.8)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,IRanges(> = 1.10.2),GenomicRanges,Biostrings(> = 2.19.0),晶格,Rsamtools
进口	IRanges,GenomicRanges,Biostrings,Biobase,hwriter,Rsamtools
链接	IRanges,Biostrings
建议	biomaRt,RUnit
SystemRequirements
增强了	Rmpi,多核
URL
取决于我	chipseq,ChIPseqR,DEGseq,EatonEtAlChIPseq,girafe,OTUbase,Rolexa,segmentSeq
进口我	ArrayExpressHTS,chipseq,ChIPseqR,ChIPsim,OTUbase,R453Plus1Toolbox,Rolexa
建议我	CSAR,Genominator,图片,R453Plus1Toolbox,Rsamtools,yeastRNASeq
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	ShortRead_1.10.4.tar.gz
Windows二进制	ShortRead_1.10.4.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Mac OS X 10.9(小牛)
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/shortread/tree/release - 2.8
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ShortRead/
包下载报告	下载数据