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这个包是2.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Rsamtools。

BAM文件格式一致序列导入R / Bioconductor

Bioconductor版本:2.8

这个包提供了一个接口的samtools公用事业(见许可证)操纵山姆(序列比对/地图)格式的文件。现有设施包括灵活的文件输入。

作者:马丁·摩根Herv \ ' e Pag \ ' es

维护人员:Biocore团队c / o BioC用户列表< bioconductor在stat.math.ethz.ch >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“Rsamtools”)

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“Rsamtools”)

PDF		Rsamtools-Overview.pdf
PDF		Rsamtools-UsingCLibraries.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	DataImport,HighThroughputSequencing,测序,软件
版本	3
Bioconductor自	BioC 2.6 (r - 2.11)(6年)
许可证	艺术- 2.0 +文件许可
取决于	方法,IRanges(> = 1.9.4),GenomicRanges(> = 0.1.0),Biostrings(> = 2.15.0)
进口	方法,跑龙套,IRanges,GenomicRanges,Biostrings
链接	Biostrings,IRanges
建议	ShortRead,GenomicFeatures,RUnit,KEGG.db
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/release/bioc/html/Rsamtools.html
取决于我	ArrayExpressHTS,girafe,ind1KG,leeBamViews,qrqc,rnaSeqMap,ShortRead
进口我	ArrayExpressHTS,R453Plus1Toolbox,ShortRead
建议我	GenomicRanges,R453Plus1Toolbox
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	Rsamtools_1.4.3.tar.gz
Windows二进制	Rsamtools_1.4.3.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Mac OS X 10.9(小牛)
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/rsamtools/tree/release - 2.8
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rsamtools/
包下载报告	下载数据