simpleaffy

非常简单的Affymetrix数据的高级分析

Bioconductor版本:2.7

提供高级功能阅读Affy .CEL文件,表型数据,然后计算简单的事情,如t、褶皱等变化。使大量使用affy库。也有一些基本的散点图功能和机制生成高分辨率数字杂志……

作者:Crispin J·米勒

维护人员:Crispin米勒< cmiller在picr.man.ac.uk >

安装这个包,开始R和输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“simpleaffy”)

在出版物引用这个包,开始R和输入:

引用(“simpleaffy”)

文档

PDF		QCandSimpleaffy.pdf
PDF	R脚本	simpleaffy底漆
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列,OneChannel,质量控制,预处理,转录,DataImport,生物信息学,DifferentialExpression,注释,ReportWriting,可视化
取决于	R (> = 2.0.0),affy,genefilter,Biobase、方法、跑龙套gcrma
进口	affy,Biobase,gcrma,genefilter,图形,grDevices,方法,属性,跑龙套
建议
系统需求
许可证	GPL (> = 2)
URL	//www.anjoumacpherson.com/, http://bioinformatics.picr.man.ac.uk/simpleaffy/
取决于我	yaqcaffy
进口我	affyQCReport,arrayMvout,arrayQualityMetrics,yaqcaffy
建议我	AffyExpress,ArrayTools
版本	2.26.1
自	Bioconductor 1.6 (r - 2.1)或更早

包下载

包的来源	simpleaffy_2.26.1.tar.gz
Windows二进制	simpleaffy_2.26.1.zip(32位和64位)
MacOS 10.5(豹)二进制	simpleaffy_2.26.1.tgz
包下载报告	下载数据