KEGGgraph

KEGGgraph:图方法在R和Bioconductor KEGG通路

Bioconductor版本:2.7

KEGGGraph KEGG通路之间的接口和图形对象以及一组工具来分析,剖析这些图形和可视化。它解析定期更新KGML (KEGG XML)文件到图模型属性维护所有必要的途径。包提供的功能包括解析、图形操作、可视化等。

作者:大卫Jitao张和Stefan Wiemann

维修工:Jitao大卫张< j。张在dkfz.de >

安装这个包,开始R和输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“KEGGgraph”)

在出版物引用这个包,开始R和输入:

引用(“KEGGgraph”)

文档

PDF	R脚本	KEGGgraph:应用实例
PDF	R脚本	KEGGgraph: KEGG通路图方法
PDF		参考手册

细节

biocViews	通路,GraphsAndNetworks
取决于	方法,XML(2.3 > = 0),图,Rgraphviz(> = 1.22.0)
进口	方法,XML,图
建议	RBGL,KEGG.db,org.Hs.eg.db,hgu133plus2.db,SPIA
系统需求
许可证	GPL (> = 2)
URL	http://www.dkfz.de/en/mga/index.html
取决于我
进口我	DEGraph
建议我	DEGraph,SPIA
版本	1.6.0
自	Bioconductor 2.4 (r - 2.9)

包下载

包的来源	KEGGgraph_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	KEGGgraph_1.6.0.zip(32位和64位)
MacOS 10.5(豹)二进制	KEGGgraph_1.6.0.tgz
包下载报告	下载数据