DEGraph

图上的两样本测试

Bioconductor版本:2.7

DEGraph实现了最近的假设检验方法，直接评估一个特定的基因网络是否在两个条件之间表达差异。这将与更经典的两步方法形成对比，这些方法首先测试单个基因，然后测试基因集在差异表达基因中的富集情况。这些最新的方法考虑到网络的拓扑结构，从而产生更强大的检测程序。DEGraph提供了在任何基因表达数据集上轻松测试差异表达的所有KEGG通路的方法和可视化结果的工具。

作者:劳伦特·雅各布，皮埃尔·纽维尔和桑德琳·杜杜伊特

维护者:Laurent Jacob < Laurent。雅各布在gmail.com>

要安装这个包，启动R并输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“DEGraph”)

要在出版物中引用此包，请输入R并输入:

引用(“DEGraph”)

文档

PDF	R脚本	DEGraph:基因网络的差异表达测试
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列，生物信息学，DifferentialExpression，GraphsAndNetworks
取决于	R (>= 2.10.0)，R.utils
进口	图，KEGGgraph，晶格，mvtnorm，R.methodsS3，RBGL，Rgraphviz，rrcov
建议	corpcor，字段，图，KEGGgraph，晶格，marray，RBGL，rrcov，Rgraphviz
系统需求
许可证	GPL-3
URL
全靠我
进口我
建议我
版本	1.0.0
自	Bioconductor 2.7 (R-2.12)

包下载

包的来源	DEGraph_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	DEGraph_1.0.0.zip(32位和64位)
MacOS 10.5 (Leopard)二进制文件	DEGraph_1.0.0.tgz
软件包下载报告	下载数据