生命网络

生物网络功能分析的例程

Bioconductor版本:2.7

该软件包提供了蛋白质-蛋白质相互作用网络的集成分析和功能模块的检测功能。通过将统计检验的p值分配给网络节点，可以将不同的数据集集成到网络中。例如，从Affymetrix阵列的基因差异表达中获得的p值被分配给网络的节点。通过拟合β -均匀混合模型并根据p值计算得分，可以计算网络区域的总体得分，并通过整数线性规划算法确定得分最高的子网络。

作者:Marcus Dittrich和Daniela Beisser

维护者:Marcus Dittrich < Marcus。迪特里希在生物中心。uni- wurzburg .de>

要安装这个包，启动R并输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“生命网络”)

要在出版物中引用此包，请输入R并输入:

引用(“生命网络”)

文档

PDF	R脚本	生命网络教程
PDF		cytoscape.pdf
PDF		prec_recall_large.pdf
PDF		prec_recall_small.pdf
PDF		Tutorial-3dplot.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列，DataImport，GraphsAndNetworks，可视化，生物信息学，GeneExpression，DifferentialExpression
取决于	R (>= 2.11.0)，Biobase，图，RBGL
进口	igraph，XML，AnnotationDbi
建议	rgl，嫁祸于，DLBCL，genefilter，xtable，所有，limma，hgu95av2.db
系统需求
许可证	GPL (>= 2)
URL	http://bionet.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/
全靠我	HTSanalyzeR
进口我	HTSanalyzeR
建议我
版本	1.8.0
自	Bioconductor 2.7 (R-2.12)

包下载

包的来源	BioNet_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	BioNet_1.8.0.zip(32位和64位)
MacOS 10.5 (Leopard)二进制文件	BioNet_1.8.0.tgz
软件包下载报告	下载数据