################################################### ### 块1号 : ################################################### 库(pcaMethods ) ################################################### ### 块2号 : ################################################### 数据(metaboliteData) mD < - metaboliteData总和(is.na (mD )) ################################################### ### 块3号:################################################### pc < - pca(医学博士,npc = 3,方法=“车牌提取”)估算< - completeObs (pc ) ################################################### ### 块4号 : ################################################### 数据(metaboliteDataComplete) mdComp < - metaboliteDataComplete总和((mdComp [is.na (mD)]——估算[is.na (mD))) ^ 2) /笔(mdComp [is.na (mD)) ^ 2 ) ################################################### ### 块5号:################################################### imputedNipals < - completeObs (pca(医学博士,npc = 3,方法=“nipals”))和((mdComp [is.na (mD)]——imputedNipals [is.na (mD))) ^ 2) /笔(mdComp [is.na (mD)) ^ 2 ) ################################################### ### 块6号 : ################################################### 库(Biobase)数据(sample.ExpressionSet) exSet < -样本。ExpressionSet exSetNa <- exSet exprs(exSetNa)[sample(13000, 200)] <- NA lost <- is.na(exprs(exSetNa)) pc <- pca(exSetNa, nPcs=2, method="ppca") impExSet <- asexpset (pc, exSetNa) sum((exprs(exSet)[lost] - exprs(impExSet)[lost])^2) / sum(exprs(exSet)[lost]^2)