#############################＃###块数字1：############################################################图书馆（pgsea）图书馆（GeoQuery）库（GSEABase）GSE <-Getgeo（“ GSE7023”，GSEMATRIX = true）#load（“ GSE.RDA”）##########################################：############################## subtype <-gsub（“ \\。”，“ _”，gsub（“ subtype：“”，“”，phenodata（gse [[1]）$“ practionals_ch1”）pheno <-new - new（“ AnnotateDdataFrame”，data = data.frame（subtype），varmetadata = data.frame（labEldescription =“ subtype”））ROWNAMES（PENO@data）<-colnames（exprs（gse [[1]]））“，exprs = exprs（gse [[1]），phenodata = pheno）##############################################################＃$块数字3：#####################################################################################################################<-PGSEA（ESET，VAIGSC，REF=（subtype ==“否”））############################################################################ pg [5：8，5：8] ##################################################################################### range(pg, finite=TRUE) smcPlot(pg, col=.rwb, scale=c(-15, 15)) ################################################### ### chunk number 7: ################################################### smcPlot(pg, factor(subtype), col=.rwb, scale=c(-15, 15), margins=c(1, 1, 6, 9), show.grid=TRUE, r.cex=.75) ################################################### ### chunk number 8: ################################################### pgNF <- PGSEA(eset, VAIgsc, ref=which(subtype=="NO"), p.value=NA) library(limma) design <- model.matrix(~ -1+factor(subtype)) colnames(design) <- names(table(subtype)) fit <- lmFit(pgNF, design) contrast.matrix <- makeContrasts(P2B-NO , levels=design) fit <- contrasts.fit(fit, contrast.matrix) fit <- eBayes(fit) topTable(fit, n=10)[,c("logFC","t","adj.P.Val")] ################################################### ### chunk number 9: ################################################### smcPlot(pg[as.numeric(rownames(topTable(fit, n=10))),], factor(subtype,levels=c("P1","P2B")), col=.rwb, scale=c(-15, 15), margins=c(1, 1, 6, 19), show.grid=TRUE, r.cex=.75) ################################################### ### chunk number 10: ################################################### gos <- go2smc() pg <- PGSEA(eset, gos, ref=which(subtype=="NO")) pgNF <- PGSEA(eset, gos, ref=which(subtype=="NO"), p.value=NA) #load("ABC.rda") design <- model.matrix(~ -1+factor(subtype)) colnames(design) <- names(table(subtype)) fit <- lmFit(pgNF, design) contrast.matrix <- makeContrasts(P2B-P1,levels=design) fit <- contrasts.fit(fit, contrast.matrix) fit <- eBayes(fit) ################################################### ### chunk number 11: ################################################### smcPlot(pg[as.numeric(rownames(topTable(fit,n=30,resort.by="logFC"))),], factor(subtype,levels=c("P1","P2B")), col=.rwb, scale=c(-15, 15), margins=c(1, 1, 6, 19), show.grid=TRUE, r.cex=.75)