vsn

微阵列数据的方差稳定化和校准

Bioconductor版本:2.6

包实现了正常化芯片强度的方法,内部之间的颜色数组,和数组之间。该方法使用一个健壮的变异最大似然估计量的微阵列数据的随机模型中描述的引用(见小插图)。模型包含数据校准(又名归一化),一个模型的依赖强度均值方差,方差稳定数据转换。差异转化强度类似于“log-ratios正常化”。然而,与后者相比,他们的方差是独立的意思是,他们通常更敏感和具体检测微分转录。

作者:沃尔夫冈•休伯从安雅•冯•Heydebreck与贡献。许多用户的评论和建议都承认,其中丹尼斯Kostka,大卫•Kreil汉斯克莱因,罗伯特先生,Deepayan Sarkar和戈登·史密斯。

维修工:沃尔夫冈·胡贝尔<胡贝尔在ebi.ac.uk >

安装这个包,开始R和输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“vsn”)

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引用(“vsn”)

文档

PDF	R脚本	介绍vsn
PDF	R脚本	可能性计算vsn
PDF	R脚本	与模拟数据验证和评估性能
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列,OneChannel,TwoChannel,预处理
取决于	Biobase(> = 2.5.5)
进口	方法,affy(> = 1.23.4),limma,晶格
建议	affydata,hgu95av2cdf
系统需求
许可证	艺术- 2.0
URL	http://www.r-project.org, http://www.ebi.ac.uk/huber
取决于我	affyPara,cellHTS2,webbioc
进口我	arrayQualityMetrics,林格,tilingArray
建议我	adSplit,Agi4x44PreProcess,beadarray,BiocCaseStudies,cellHTS,雌激素,GlobalAncova,globaltest,limma,光民,《暮光之城》
版本	3.16.0
自	Bioconductor 1.6 (r - 2.1)或更早

包下载

包的来源	vsn_3.16.0.tar.gz
Windows二进制	vsn_3.16.0.zip(32位和64位)
MacOS 10.5(豹)二进制	vsn_3.16.0.tgz
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