tilingArray

记录映射与高密度寡核苷酸花砖数组

Bioconductor版本:2.6

包提供的功能,可用于高密度花砖微阵列数据的分析(如从Affymetrix genechips)测量转录丰度和建筑。包装的主要功能是:1。类“分割”代表分划的一系列线性的数据;2。函数的段拟合分段常数模型使用动态编程算法,既快速又准确的;3所示。函数计算置信区间的confint使用strucchange包;4所示。函数的plotAlongChrom生成漂亮的情节;5。 the function 'normalizeByReference' for probe-sequence dependent response adjustment from a (set of) reference hybridizations.

作者:沃尔夫冈•休伯(Xu Joern Toedling马特·里奇的贡献

(维护人员:徐在ebi.ac.uk > (<)

安装这个包,开始R和输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“tilingArray”)

在出版物引用这个包,开始R和输入:

引用(“tilingArray”)

文档

PDF	R脚本	介绍plotAlongChrom函数
PDF	R脚本	介绍使用分段函数以适应分段常数曲线
PDF	R脚本	与normalizeByReference功能正常化tilingArray包
PDF	R脚本	分割演示
PDF	R脚本	补充。计算成本的矩阵
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列,OneChannel,预处理,可视化
取决于	R (> = 2.11.0),Biobase、方法、象图
进口	strucchange,affy,vsn,genefilter,RColorBrewer、网格
建议
系统需求
许可证	艺术- 2.0
URL
取决于我	davidTiling
进口我	snapCGH
建议我
版本	1.26.0
自	Bioconductor 2.2 (r - 2.7)

包下载

包的来源	tilingArray_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	tilingArray_1.26.0.zip(32位和64位)
MacOS 10.5(豹)二进制	tilingArray_1.26.0.tgz
包下载报告	下载数据