rtracklayer

基因组浏览器的R接口及其注释跟踪

Bioconductor版本:2.6

可扩展的框架，用于与多个基因组浏览器交互(目前是UCSC内置的)，并以各种格式操作注释跟踪(目前是GFF、BED、bedGraph、BED15和WIG内置的)。用户可以从支持的浏览器导出/导入音轨，以及查询和修改浏览器的状态，如当前的视口。

作者:迈克尔·劳伦斯，文斯·凯里，罗伯特·绅士

维护者:Michael Lawrence

要安装这个包，开始R，然后输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“rtracklayer”)

要在发布中引用此包，请开始R并输入:

引用(“rtracklayer”)

文档

PDF	R脚本	rtracklayer
PDF		参考手册

细节

biocViews	注释，可视化，DataImport
取决于	R(>= 2.7.0)，方法，RCurl
进口	XML(1.98 > = 0),IRanges(> = 1.3.50),GenomicRanges(> = 0.0.9),Biostrings(> = 2.15.22),BSgenome(> = 1.15.17),Biobase
建议	humanStemCell，微(> = 1.1.1),genefilter，limma，org.Hs.eg.db，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
系统需求
许可证	艺术- 2.0
URL
取决于我	EatonEtAlChIPseq，GGtools
进口我	ChromHeatMap，geneLenDataBase，GenomicFeatures，GGtools
建议我	ind1KG，MotIV，oneChannelGUI，图片，林格，rMAT
版本	1.8.1
自	Bioconductor 2.2 (r - 2.7)

包下载

包的来源	rtracklayer_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	rtracklayer_1.8.1.zip(32位和64位)
MacOS 10.5 (Leopard)二进制文件	rtracklayer_1.8.1.tgz
包下载报告	下载数据