rMAT

R实现从垫程序规范化和分析花砖数组和ChIP-chip数据。

Bioconductor版本:2.6

这个包是一个R版本的包垫,包含函数来解析和合并Affymetrix BPMAP和玻璃纸花砖数组文件(使用c++基础融合SDK和Bioconductor包affxparser),规范化花砖数组使用序列特定模型,检测富集地区ChIP-chip实验。注意:用户应该GSL曾帮工GenomeGraphs安装。Windows用户:“请教README文件中可用的本月目录源分布为必要的配置指令的。雪豹的用户可以利用提高速度与中央调度!

作者:查尔斯·张Arnaud所有权和拉斐尔Gottardo

维护人员:Arnaud所有权< Arnaud。在ircm.qc所有权。ca >和拉斐尔Gottardo <拉斐尔。在ircm.qc.ca gottardo >

安装这个包,开始R和输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“rMAT”)

在出版物引用这个包,开始R和输入:

引用(“rMAT”)

文档

PDF	R脚本	rMAT用户指南
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列,预处理,统计数据
取决于	R (> = 2.9.0),IRanges,Biobase,affxparser
进口	Biobase(> = 2.5.5)、方法IRanges
建议	GenomeGraphs,rtracklayer
系统需求
许可证	艺术- 2.0
URL	http://www.rglab.org
取决于我
进口我
建议我
版本	2.4.2
自	Bioconductor 2.4 (r - 2.9)

包下载

包的来源	rMAT_2.4.2.tar.gz
Windows二进制	rMAT_2.4.2.zip(32位和64位)
MacOS 10.5(豹)二进制	rMAT_2.4.2.tgz
包下载报告	下载数据