益生元

预处理工具寡核苷酸阵列。

Bioconductor版本:2.6

一个包分析寡核苷酸阵列(表达式/ SNP /瓷砖/外显子)probe-level。它目前支持Affymetrix(玻璃纸文件)和罗氏数组(xy文件)。

作者:Benilton卡瓦略<卡瓦略在bclab.org >,与来自本Bolstad拉斐尔·a·伊文斯凯里,罗伯特先生,沃尔夫冈•休伯

维护人员:Benilton卡瓦略<卡瓦略在bclab.org >

安装这个包,开始R和输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite(“益生元”)

在出版物引用这个包,开始R和输入:

引用(“益生元”)

biocViews	微阵列,OneChannel,TwoChannel,预处理,单核苷酸多态性,DifferentialExpression,DNAMethylation,ExonArray,GeneExpression,生物信息学,DataImport,转录,ChIPchip,CopyNumberVariants,CpGIsland
取决于	R (> = 2.11.0),oligoClasses(> = 1.9.41)
进口	affyio(> = 1.15.2),affxparser(> = 1.17.3),Biobase(> = 2.7.3),DBI(> = 0.2 4)、图形的方法,preprocessCore(> = 1.9.0)、样条函数、统计,跑龙套
建议	hapmap100kxba,pd.mapping50k.xba240,pd.hg18.60mer.expr,maqcExpression4plex,genefilter,limma,RColorBrewer
系统需求
许可证	LGPL (> = 2)
URL
取决于我	斜体,oligoData,pd.081229.hg18.promoter.medip.hx1,pd.2006.07.18.hg18.refseq.promoter,pd.2006.07.18.mm8.refseq.promoter,pd.2006.10.31.rn34.refseq.promoter,pd.charm.hg18.example,pd.cytogenetics.array,pd.feinberg.hg18.me.hx1,pd.feinberg.mm8.me.hx1,pd.genomewidesnp.5,pd.genomewidesnp.6,pd.hg.u95a,pd.hg.u95av2,pd.ht.hg.u133.plus.pm,pd.huex.1.0.st.v2,pd.hugene.1.0.st.v1,pd.hugene.1.1.st.v1,pd.mapping250k.nsp,pd.mapping250k.sty,pd.mapping50k.hind240,pd.mapping50k.xba240,pd.moex.1.0.st.v1,pd.mogene.1.0.st.v1,pd.mogene.1.1.st.v1,pd.mouse430.2,pd.raex.1.0.st.v1,pd.ragene.1.0.st.v1,pd.ragene.1.1.st.v1,pdInfoBuilder
进口我	魅力,makePlatformDesign
建议我	hapmap100khind,hapmap100kxba,hapmap500knsp,hapmap500ksty,hapmapsnp5,hapmapsnp6,maqcExpression4plex
版本	1.12.2
自	Bioconductor 2.0 (r - 2.5)