crlmm

基因型(CRLMM)和拷贝数分析工具呼吁Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina公司数组。

Bioconductor版本:2.6

更快的实现CRLMM特定于SNP 5.0和6.0数组,以及拷贝数工具具体到5.0,6.0,和Illumina公司平台

作者:拉斐尔•伊,Benilton卡瓦略<卡瓦略在bclab.org >,罗伯特Scharpf < rscharpf jhsph.edu >,马特·里奇在wehi.edu.au > < mritchie

维修工:Benilton卡瓦略<卡瓦略在bclab.org >,罗伯特Scharpf < rscharpf jhsph.edu >,马特·里奇在wehi.EDU.AU > < mritchie

安装这个包,开始R和输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“crlmm”)

在出版物引用这个包,开始R和输入:

引用(“crlmm”)

文档

PDF	R脚本	crlmm装饰图案,拷贝数
PDF	R脚本	crlmm装饰图案,拷贝数Illumina公司平台
PDF	R脚本	crlmm装饰图案,下游分析
PDF	R脚本	crlmm装饰图案——基因分型
PDF		crlmmIllumina.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列,预处理,单核苷酸多态性,生物信息学,CopyNumberVariants
取决于	R(> = 2.11.0)、方法Biobase(> = 2.7.2),oligoClasses(> = 1.9.50)
进口	affyio(> = 1.15.2),椭圆,ff,genefilter,mvtnorm,preprocessCore样条函数、统计数据SNPchip,跑龙套
建议	hapmapsnp6,genomewidesnp6Crlmm(> = 1.0.2中),snpMatrix
系统需求
许可证	艺术- 2.0
URL
取决于我	VanillaICE
进口我
建议我	hapmap370k
版本	1.6.6
自	Bioconductor 2.4 (r - 2.9)

包下载

包的来源	crlmm_1.6.6.tar.gz
Windows二进制	crlmm_1.6.6.zip(32位和64位)
MacOS 10.5(豹)二进制	crlmm_1.6.6.tgz
包下载报告	下载数据