biomaRt

与BioMart数据库(例如ensemble bl, COSMIC,Wormbase和Gramene)的接口

Bioconductor版本:2.6

近年来，在公共数据库中可以获得大量的生物数据。全面的生物信息学数据分析需要方便地获取这些宝贵的数据资源，并与数据分析紧密结合。biomaRt为实现biomaRt软件套件的数据库提供了一个接口(http://www.biomart.org)。该包支持以统一的方式检索大量数据，而不需要知道底层数据库模式或编写复杂的SQL查询。BioMart数据库的例子有ensemble bl、COSMIC、Uniprot、HGNC、Gramene、Wormbase和dbSNP映射到Ensembl。这些主要数据库使生物art用户可以直接访问各种数据集，并实现从基因注释到数据库挖掘的广泛强大的在线查询。

作者:Steffen Durinck ， Wolfgang Huber < Huber at ebi.ac.uk>

维护者:Steffen Durinck

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源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“biomaRt”)

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引用(“biomaRt”)

文档

PDF	R脚本	生物art用户指南
PDF		参考手册

细节

biocViews	注释
取决于	方法
进口	XML，RCurl
建议	注释
系统需求
许可证	艺术- 2.0
URL
全靠我	ChIPpeakAnno，domainsignatures，gene2pathway，GenomeGraphs
进口我	affycoretools，ChIPpeakAnno，GenomicFeatures，RNAither
建议我	BiocCaseStudies，ccTutorial，GeneAnswers，Genominator，leeBamViews，时间的，oneChannelGUI，ShortRead，SIM卡
版本	测试盒框
自	Bioconductor 1.6 (R-2.1)或更早的版本

包下载

包的来源	biomaRt_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	biomaRt_2.4.0.zip(32位和64位)
MacOS 10.5 (Leopard)二进制文件	biomaRt_2.4.0.tgz
软件包下载报告	下载数据