Rsamtools

导入对齐的BAM文件格式序列到R / Bioconductor中

Bioconductor版本:2.6

这个包为“samtools”实用程序提供了一个接口，用于操作SAM(序列对齐/映射)格式文件。目前可用的工具包括灵活的文件输入。

作者:马丁·摩根，Herv\'e Pag\ ' es

维护者:Biocore Team c/o BioC用户列表

要安装这个包，开始R，然后输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“Rsamtools”)

要在发布中引用此包，请开始R并输入:

引用(“Rsamtools”)

文档

PDF	R脚本	Rsamtools的介绍
PDF		参考手册

细节

biocViews	DataImport，测序，HighThroughputSequencing
取决于	方法,IRanges(> = 1.5.56),GenomicRanges(> = 0.1.0),Biostrings(> = 2.15.0)
进口	方法,跑龙套,IRanges，GenomicRanges，Biostrings
建议	ShortRead，GenomicFeatures，KEGG.db
系统需求
许可证	艺术- 2.0
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/release/bioc/html/Rsamtools.html
全靠我	ind1KG，leeBamViews，ShortRead
进口我	ShortRead
建议我	GenomicRanges
版本	1.0.8
自	Bioconductor 2.6 (R-2.11)

包下载

包的来源	Rsamtools_1.0.8.tar.gz
Windows二进制	Rsamtools_1.0.8.zip(32- & 64位)
MacOS 10.5 (Leopard)二进制文件	Rsamtools_1.0.8.tgz
软件包下载报告	下载数据