GEOmetadb

一个编译从NCBI地理元数据

Bioconductor版本:2.6

NCBI基因表达综合(GEO)代表最大的微阵列数据的公共存储库。然而,找到感兴趣的数据可以使用当前的工具是一个挑战。GEOmetadb试图访问元数据与样品、平台和数据集更可行。这是通过所有NCBI地理元数据解析为一个SQLite数据库,可以在本地存储和查询。GEOmetadb只是一个薄包装SQLite数据库以及相关文档。最后,SQLite数据库定期更新为新数据添加到地理,可以随意下载最新的元数据。GEOmetadb纸:http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/short/24/23/2798。

作者:杰克朱和肖恩·戴维斯

维护人员:杰克朱< zhujack在mail.nih.gov >

安装这个包,开始R和输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“GEOmetadb”)

在出版物引用这个包,开始R和输入:

引用(“GEOmetadb”)

文档

PDF	R脚本	GEOmetadb
PDF		GEOmetadb_diagram.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	基础设施
取决于	GEOquery,RSQLite
进口
建议
系统需求
许可证	艺术- 2.0
URL	http://gbnci.abcc.ncifcrf.gov/geo/
取决于我
进口我
建议我
版本	1.8.0
自	Bioconductor 2.2 (r - 2.7)

包下载

包的来源	GEOmetadb_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	GEOmetadb_1.8.0.zip(32位和64位)
MacOS 10.5(豹)二进制	GEOmetadb_1.8.0.tgz
包下载报告	下载数据