Biostrings

字符串对象代表生物序列,和匹配算法

Bioconductor版本:2.6

记忆有效字符串容器,字符串匹配算法,和其他实用程序,用于快速操作的大型生物序列或集序列。

作者:h .页面、p . Aboyoun r .绅士,和美国DebRoy

维修工:h .页< hpages fhcrc.org >

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源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“Biostrings”)

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引用(“Biostrings”)

文档

PDF	R脚本	一个简短的发言Biostrings 2中定义的基本类
PDF	R脚本	高效的基因组搜索与Biostrings BSgenome包数据
PDF	R脚本	处理探针序列信息
PDF	R脚本	两两序列比对
PDF	R脚本	一些旧笔记的向量化特性DNAString()构造函数。不是为最终用户。
PDF		参考手册

细节

biocViews	SequenceMatching,遗传学,基础设施
取决于	R(> = 2.8.0)、方法IRanges(> = 1.6.6)
进口	图形、方法、统计跑龙套,IRanges,Biobase
建议	BSgenome(> = 1.13.14),BSgenome.Celegans.UCSC.ce2(> = 1.3.11),BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.3.11),drosophila2probe,hgu95av2probe,GenomicFeatures(> = 0.1.3),hgu95av2cdf,affy,affydata(> = 1.11.5),RUnit
系统需求
许可证	艺术- 2.0
URL
取决于我	altcdfenvs,BSgenome,ChIPpeakAnno,ChIPsim,GeneRegionScan,harbChIP,matchprobes,rGADEM,Rsamtools,ShortRead
进口我	AffyCompatible,BCRANK,biocDatasets,BioSeqClass,魅力,ChIPpeakAnno,ChIPseqR,ChIPsim,gcrma,geneLenDataBase,GeneRegionScan,GenomicFeatures,girafe,MEDME,methVisual,微,oligoClasses,pd.081229.hg18.promoter.medip.hx1,pd.2006.07.18.hg18.refseq.promoter,pd.2006.07.18.mm8.refseq.promoter,pd.2006.10.31.rn34.refseq.promoter,pd.charm.hg18.example,pd.cytogenetics.array,pd.feinberg.hg18.me.hx1,pd.feinberg.mm8.me.hx1,pd.genomewidesnp.5,pd.genomewidesnp.6,pd.hg.u95a,pd.hg.u95av2,pd.ht.hg.u133.plus.pm,pd.huex.1.0.st.v2,pd.hugene.1.0.st.v1,pd.hugene.1.1.st.v1,pd.mapping250k.nsp,pd.mapping250k.sty,pd.mapping50k.hind240,pd.mapping50k.xba240,pd.moex.1.0.st.v1,pd.mogene.1.0.st.v1,pd.mogene.1.1.st.v1,pd.mouse430.2,pd.raex.1.0.st.v1,pd.ragene.1.0.st.v1,pd.ragene.1.1.st.v1,pdInfoBuilder,rGADEM,Rolexa,Rsamtools,rtracklayer,ShortRead
建议我	注释,微,oneChannelGUI,SLGI,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427
版本	2.16.9
自	Bioconductor 1.6 (r - 2.1)或更早

包下载

包的来源	Biostrings_2.16.9.tar.gz
Windows二进制	Biostrings_2.16.9.zip(32位和64位)
MacOS 10.5(豹)二进制	Biostrings_2.16.9.tgz
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