vsn

微阵列数据的方差稳定与校正

Bioconductor版本:2.5

该包实现了一种归一化微阵列强度的方法，包括阵列内颜色之间和阵列之间的强度。该方法使用了参考文献中描述的微阵列数据随机模型的最大似然估计的鲁棒变体(见小插图)。该模型包含数据校准(即归一化)、方差对平均强度的依赖性模型和方差稳定数据转换。转换强度之间的差异类似于“归一化对数比”。然而，与后者相比，它们的方差与均值无关，在检测差异转录时通常更敏感和特异性更高。

作者:沃尔夫冈·胡贝尔，由安雅·冯·海德布雷克贡献。许多用户的评论和建议得到了认可，其中包括Dennis Kostka, David Kreil, Hans-Ulrich Klein, Robert Gentleman, Deepayan Sarkar和Gordon Smyth。

维护者:Wolfgang Huber < Huber at ebi.ac.uk>

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源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“vsn”)

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引用(“vsn”)

文档

PDF	R脚本	vsn简介
PDF	R脚本	vsn的似然计算
PDF	R脚本	用模拟数据验证和评估性能
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列，OneChannel，TwoChannel，预处理
取决于	Biobase(> = 2.5.5)
进口	方法,affy(> = 1.23.4),limma，晶格
建议	affydata，hgu95av2cdf
系统需求
许可证	艺术- 2.0
URL	http://www.r-project.org, http://www.ebi.ac.uk/huber
全靠我	affyPara，cellHTS2，webbioc
进口我	arrayQualityMetrics，林格，tilingArray
建议我	adSplit，Agi4x44PreProcess，beadarray，BiocCaseStudies，cellHTS，ecolitk，雌激素，GlobalAncova，globaltest，limma，光民，《暮光之城》
版本	3.14.0
自	Bioconductor 1.6 (R-2.1)或更早版本

包下载

包的来源	vsn_3.14.0.tar.gz
Windows二进制	vsn_3.14.0.zip(32- & 64位)
MacOS 10.5 (Leopard)二进制文件	vsn_3.14.0.tgz
软件包下载报告	下载数据