rtracklayer

R接口到基因组浏览器及其注释跟踪

生物导体版本:2.5

可扩展的框架，用于与多个基因组浏览器交互(目前内置UCSC)，并以各种格式操作注释轨道(目前内置GFF、BED、bedGraph、BED15和WIG)。用户可以从受支持的浏览器中导出/导入曲目，以及查询和修改浏览器状态，例如当前的视口。

作者:迈克尔·劳伦斯，文斯·凯里，罗伯特·绅士

维护者:Michael Lawrence

要安装这个包，启动R并输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“rtracklayer”)

要在出版物中引用此包，请输入R并输入:

引用(“rtracklayer”)

文档

PDF	R脚本	rtracklayer
PDF		参考手册

细节

biocViews	注释，可视化，DataImport
取决于	R(>= 2.7.0)，方法，RCurl
进口	XML(1.98 > = 0),IRanges(> = 1.3.50),Biostrings(> = 2.11.14),BSgenome(> = 1.13.10)
建议	humanStemCell，微(> = 1.1.1),genefilter，limma，org.Hs.eg.db，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18
系统需求
许可证	艺术- 2.0
URL
全靠我	GenomicFeatures
进口我	ChromHeatMap
建议我	ind1KG，oneChannelGUI，林格，rMAT
版本	1.6.0
自	Bioconductor 2.2 (R-2.7)

包下载

包的来源	rtracklayer_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	rtracklayer_1.6.0.zip(32位和64位)
MacOS 10.5 (Leopard)二进制文件	rtracklayer_1.6.0.tgz
软件包下载报告	下载数据