crlmm

基因型(CRLMM)和拷贝数分析工具呼吁Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina公司数组。

Bioconductor版本:2.5

更快的实现CRLMM特定于SNP 5.0和6.0数组,以及特定于6.0一个拷贝数的工具。

作者:拉斐尔•伊,Benilton卡瓦略< bcarvalh jhsph.edu >,罗伯特Scharpf < rscharpf jhsph.edu >,马特·里奇在wehi.EDU.AU > < mritchie

维修工:Benilton卡瓦略< bcarvalh jhsph.edu >,罗伯特Scharpf < rscharpf jhsph.edu >,马特·里奇在wehi.EDU.AU > < mritchie

安装这个包,开始R和输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“crlmm”)

在出版物引用这个包,开始R和输入:

引用(“crlmm”)

biocViews	微阵列,预处理,单核苷酸多态性,生物信息学,CopyNumberVariants
取决于	方法,Biobase(> = 2.5.5)、R (> = 2.10.0)
进口	affyio,preprocessCore,跑龙套,统计数据,genefilter样条函数,mvtnorm,oligoClasses,椭圆、方法、SNPchip
建议	hapmapsnp5,hapmapsnp6,genomewidesnp5Crlmm(> = 1.0.2中),genomewidesnp6Crlmm(> = 1.0.2中),snpMatrix,VanillaICE(> = 1.7.8),GGdata
系统需求
许可证	艺术- 2.0
URL
取决于我
进口我
建议我
版本	1.4.5
自	Bioconductor 2.4 (r - 2.9)