注释

注释的微阵列

Bioconductor版本:2.5

使用R的环境进行注释。

作者:r .绅士

维护人员:Biocore团队c / o BioC用户列表< bioconductor在stat.math.ethz.ch >

安装这个包,开始R和输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite(“注释”)

在出版物引用这个包,开始R和输入:

引用(“注释”)

文档

PDF R脚本 注释的概述
PDF R脚本 基本去使用
PDF R脚本 HowTo: HTML输出
PDF R脚本 HowTo:使用染色体信息
PDF R脚本 HOWTO:使用在线查询工具
PDF R脚本 使用Affymetrix探测水平数据
PDF R脚本 使用数据的包
PDF R脚本 使用相同的包
PDF 参考手册

细节

biocViews 注释,通路,,Affymetrix
取决于 R(> =测试盒框),AnnotationDbi(> = 0.1.15)
进口 Biobase,AnnotationDbi,xtable、图形跑龙套、属性、方法
建议 Biobase,hgu95av2.db,genefilter,Biostrings(> = 2.4.4),rae230a.db,rae230aprobe,tkWidgets,XML(> = 0.92 - 2),GO.db,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,hom.Hs.inp.db
系统需求
许可证 艺术- 2.0
URL
取决于我 Agi4x44PreProcess,ChromHeatMap,GeneAnswers,geneplotter,GSEABase,染色体组型,光民,macat,MLInterfaces,Neve2006,ontoTools,PCpheno,RpsiXML,安全,ScISI
进口我 affycoretools,类别,ChromHeatMap,codelink,genefilter,geneplotter,GlobalAncova,globaltest,GOstats,GSEABase,安全,ScISI,splicegear
建议我 adme16cod.db,ag.db,ath1121501.db,BiocCaseStudies,biomaRt,bovine.db,canine.db,canine2.db,celegans.db,chicken.db,drosgenome1.db,drosophila2.db,geneplotter,GGHumanMethCancerPanelv1.db,globaltest,GOstats,GSEAlm,h10kcod.db,h20kcod.db,hcg110.db,hgfocus.db,hgu133a.db,hgu133a2.db,hgu133b.db,hgu133plus2.db,hgu95a.db,hgu95av2.db,hgu95b.db,hgu95c.db,hgu95d.db,hgu95e.db,hguatlas13k.db,hgubeta7.db,hguDKFZ31.db,hgug4100a.db,hgug4101a.db,hgug4110b.db,hgug4111a.db,hgug4112a.db,hguqiagenv3.db,hi16cod.db,hs25kresogen.db,Hs6UG171.db,hthgu133a.db,hthgu133b.db,hu35ksuba.db,hu35ksubb.db,hu35ksubc.db,hu35ksubd.db,hu6800.db,hugene10stprobeset.db,hugene10sttranscriptcluster.db,HuO22.db,hwgcod.db,illuminaHumanDASLBeadID.db,IlluminaHumanMethylation27k.db,illuminaHumanv1.db,illuminaHumanv1BeadID.db,illuminaHumanv2.db,illuminaHumanv2BeadID.db,illuminaHumanv3.db,illuminaHumanv3BeadID.db,illuminaMousev1.db,illuminaMousev1BeadID.db,illuminaMousev1p1.db,illuminaMousev1p1BeadID.db,illuminaMousev2.db,illuminaMousev2BeadID.db,illuminaRatv1.db,illuminaRatv1BeadID.db,indac.db,JazaeriMetaData.db,LAPOINTE.db,m10kcod.db,m20kcod.db,maigesPack,mgu74a.db,mgu74av2.db,mgu74b.db,mgu74bv2.db,mgu74c.db,mgu74cv2.db,mguatlas5k.db,mgug4104a.db,mgug4120a.db,mgug4121a.db,mgug4122a.db,mi16cod.db,mm24kresogen.db,moe430a.db,moe430b.db,mogene10stprobeset.db,mogene10sttranscriptcluster.db,mouse4302.db,mouse430a2.db,mpedbarray.db,mu11ksuba.db,mu11ksubb.db,Mu15v1.db,mu19ksuba.db,mu19ksubb.db,mu19ksubc.db,Mu22v3.db,mwgcod.db,Norway981.db,nugohs1a520180.db,nugomm1a520177.db,oneChannelGUI,OperonHumanV3.db,org.Ag.eg.db,org.At.tair.db,org.Bt.eg.db,org.Ce.eg.db,org.Cf.eg.db,org.Dm.eg.db,org.Dr.eg.db,org.EcK12.eg.db,org.EcSakai.eg.db,org.Gg.eg.db,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,org.Mmu.eg.db,org.Pf.plasmo.db,org.Pt.eg.db,org.Rn.eg.db,org.Sc.sgd.db,org.Ss.eg.db,org.Xl.eg.db,PartheenMetaData.db,pedbarrayv10.db,pedbarrayv9.db,POCRCannotation.db,彪马,qpgraph,r10kcod.db,rae230a.db,rae230b.db,ragene10stprobeset.db,ragene10sttranscriptcluster.db,rat2302.db,rgu34a.db,rgu34b.db,rgu34c.db,rguatlas4k.db,rgug4105a.db,rgug4130a.db,rgug4131a.db,ri16cod.db,rnu34.db,Roberts2005Annotation.db,rtu34.db,rwgcod.db,SHDZ.db,siggenes,u133x3p.db,xlaevis.db,yeast2.db,ygs98.db,zebrafish.db
版本 1.24.1
Bioconductor 1.6 (r - 2.1)或更早

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