affy

方法Affymetrix寡核苷酸阵列

Bioconductor版本:2.5

包包含用于探索性寡核苷酸阵列分析功能。依赖性tkWidgets只关注一些方便的功能。“affy”是没有它功能齐全。

作者:拉斐尔·a·伊<拉法在jhu.edu >, Laurent Gautier < lgautier gmail.com >,本杰明·米洛Bolstad < bmb bmbolstad.com >,和< cmiller Crispin米勒picr.man.ac。英国的贡献> Magnus搁浅地<马格努斯。搁浅地在astrazeneca.com >,莱斯利·m·应对< mts.jhu.edu >,罗伯特先生,杰夫绅士,康拉德哈林舞< agilixcorp.com >们聊天,沃尔夫冈•休伯詹姆斯•麦克唐纳< jmacdon med.umich.edu >本杰明·i·鲁宾斯坦克里斯托弗工人cbs.dtu <工人。dk >,约翰

维护人员:拉斐尔·a·伊<拉法在jhu.edu >

安装这个包,开始R和输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“affy”)

在出版物引用这个包,开始R和输入:

引用(“affy”)

文档

PDF	R脚本	1。底漆
PDF	R脚本	2。内置的处理方法
PDF	R脚本	3所示。自定义处理方法
PDF	R脚本	4所示。导入方法
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列,OneChannel,预处理
取决于	R (> = 2.8.0),Biobase(> = 2.5.5)
进口	affyio(> = 1.13.3),Biobase(> = 2.5.5)、图形grDevices,方法,preprocessCore统计,跑龙套
建议	tkWidgets(> = 1.19.0),affydata
系统需求
许可证	LGPL (> = 2.0)
URL
取决于我	adSplit,affyContam,affycoretools,affydata,AffyExpress,affylmGUI,affyPara,affypdnn,affyPLM,affyQCReport,AffyTiling,AgiMicroRna,ALLMLL,altcdfenvs,AmpAffyExample,arrayMvout,ArrayTools,bgx,bronchialIL13,慢性淋巴细胞白血病,dualKS,ecoliLeucine,ecolitk,雌激素,exonmap,gcrma,GeneTraffic,Harshlight,logitT,光民,时间的,makecdfenv,MAQCsubset,MAQCsubsetAFX,mvoutData,panp,钳子,plw,彪马,pumadata,qpcrNorm,RefPlus,rHVDM,战,simpleaffy,SpikeIn,SpikeInSubset,sscore,斯塔尔,webbioc,XhybCasneuf
进口我	ArrayExpress,arrayQualityMetrics,ArrayTools,gcrma,HTqPCR,matchprobes,彪马,simpleaffy,tilingArray,vsn
建议我	AnnotationDbi,beadarray,beadarraySNP,BiocCaseStudies,Biostrings,BufferedMatrixMethods,雌激素,factDesign,GeneRegionScan,hexbin,limma,made4,matchprobes,oneChannelGUI,siggenes
版本	1.24.2
自	Bioconductor 1.6 (r - 2.1)或更早