斯塔尔

Affymetrix芯片芯片数据的简单平铺阵列分析

生物导体版本：2.5

Starr促进了芯片芯片数据的分析，尤其是Affymetrix平铺阵列的数据。该软件包为数据导入，质量评估，数据可视化和探索提供了功能。此外，它还包括高级分析特征，例如芯片信号与带注释的特征的关联，芯片信号的相关分析和其他基因组数据（例如基因表达），使用CMARRT算法进行峰值调查以及比较芯片 - 芯片群的比较显示器。它使用基本的生物导体类表达组和probeanno，以最大程度地兼容生物导体上的其他软件。Starr的所有功能均可用于研究Ringo软件包中的预处理数据，反之亦然。一个重要的新颖工具是自动生成正确的，最新的微阵列探针注释（BPMAP）文件，该文件依赖于对短序列（例如，微阵列上的探针序列）的有效映射到任意基因组。

作者：Benedikt Zacher，Johannes Soeding，Pei Fen Kuan，Matthias Siebert，Achim Tresch

维护者：benedikt Zacher

要安装此软件包，请启动R并输入：

来源（“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”）bioclite（“ starr”）

要在出版物中引用此软件包，请启动R并输入：

引用（“ Starr”）

文档

PDF	R脚本	简单的平铺阵列分析
PDF		参考手册

细节

生物浏览	微阵列，，，，Onechannel，，，，DataImport，，，，QualityControl，，，，预处理，，，，芯片
要看	林戈，，，，副词，，，，affxparser
进口	pspline，，，，大量的
建议
系统要求
执照	艺术2.0
URL
取决于我
进口我
建议我
版本	1.2.11
自从	生物导体2.5（R-2.10）

软件包下载

包源	starr_1.2.11.tar.gz
Windows二进制	starr_1.2.11.zip（32-和64位）
MacOS 10.5（豹）二进制	starr_1.2.11.tgz
软件包下载报告	下载统计