KEGGgraph

KEGGgraph: R和Bioconductor中KEGG通路的图形方法

生物导体版本:2.5

KEGGGraph是KEGG路径和图形对象之间的接口，也是用于分析、解析和可视化这些图形的工具集合。它将定期更新的KGML (KEGG XML)文件解析为维护所有基本路径属性的图模型。该软件包提供了包括解析、图形操作、可视化等功能。

作者:Jitao David Zhang, Stefan Wiemann

维护者:Jitao David Zhang

要安装这个包，启动R并输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“KEGGgraph”)

要在出版物中引用此包，请输入R并输入:

引用(“KEGGgraph”)

文档

PDF	R脚本	KEGGgraph应用实例
PDF	R脚本	KEGGgraph: KEGG路径的图形方法
PDF		参考手册

细节

biocViews	通路，GraphsAndNetworks
取决于	方法,XML(2.3 > = 0),图，Rgraphviz(> = 1.22.0)
进口
建议	RBGL，KEGG.db，org.Hs.eg.db，hgu133plus2.db，SPIA
系统需求
许可证	GPL (>= 2)
URL	http://www.dkfz.de/en/mga/index.html
全靠我
进口我
建议我	SPIA
版本	1.2.2
自	Bioconductor 2.4 (R-2.9)

包下载

包的来源	KEGGgraph_1.2.2.tar.gz
Windows二进制	KEGGgraph_1.2.2.zip(32位和64位)
MacOS 10.5 (Leopard)二进制文件	KEGGgraph_1.2.2.tgz
软件包下载报告	下载数据