ChIPpeakAnno

批处理注释的峰识别ChIP-seq或ChIP-chip实验。

Bioconductor版本:2.5

包包含函数来检索在峰值序列,获得丰富基因本体论(去),找到最近的基因外显子,microrna的或自定义特性,比如大多数保守元素和其他转录因子结合位点由用户提供。这个包利用biomaRt、IRanges Biostrings, BSgenome,走了。db,乘和统计包

作者:丽华朱莉·朱Herve页,克劳德Gazin,内森·劳森大卫Lapointe西蒙•林和迈克尔·格林

维护人员:丽华朱莉朱<朱莉。朱:umassmed.edu >

安装这个包,开始R和输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“ChIPpeakAnno”)

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引用(“ChIPpeakAnno”)

文档

PDF	R脚本	ChIPpeakAnno装饰图案
PDF		参考手册

细节

biocViews	注释,ChIPseq,ChIPchip
取决于	biomaRt,乘,IRanges,Biostrings,BSgenome,BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805,GO.db,org.Hs.eg.db,limma
进口	biomaRt,乘,IRanges,Biostrings,BSgenome,GO.db,limma
建议
系统需求
许可证	GPL (> = 2)
URL
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版本	1.2.15
自	Bioconductor 2.5 (r - 2.10)

包下载

包的来源	ChIPpeakAnno_1.2.15.tar.gz
Windows二进制	ChIPpeakAnno_1.2.15.zip(32位和64位)
MacOS 10.5(豹)二进制	ChIPpeakAnno_1.2.15.tgz
包下载报告	下载数据