BSgenome

基础设施Biostrings-based基因组数据的包

Bioconductor版本:2.5

基础设施由所有Biostrings-based基因组数据共享包

作者:Herve页面

维修工:h .页< hpages fhcrc.org >

安装这个包,开始R和输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“BSgenome”)

在出版物引用这个包,开始R和输入:

引用(“BSgenome”)

文档

PDF	R脚本	高效的基因组搜索与Biostrings BSgenome包数据
PDF	R脚本	如何打造一个BSgenome数据包
PDF		参考手册

细节

biocViews	遗传学,基础设施
取决于	R(> = 2.7.0)、方法IRanges(> = 1.3.79),Biostrings(> = 2.14.5)
进口
建议	BSgenome.Celegans.UCSC.ce2(> = 1.3.11),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18(> = 1.3.11),SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20071016,hgu95av2probe,Biobase
系统需求
许可证	艺术- 2.0
URL
取决于我	BSgenome.Amellifera.BeeBase.assembly4,BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2,BSgenome.Athaliana.TAIR.01222004,BSgenome.Athaliana.TAIR.04232008,BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau3,BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau4,BSgenome.Celegans.UCSC.ce2,BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam2,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm2,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer5,BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805,BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm8,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9,BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2,BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn4,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer1,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2,ChIPpeakAnno,chipseq,ShortRead
进口我	BSgenome.Amellifera.BeeBase.assembly4,BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2,BSgenome.Athaliana.TAIR.01222004,BSgenome.Athaliana.TAIR.04232008,BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau3,BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau4,BSgenome.Celegans.UCSC.ce2,BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam2,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm2,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer5,BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805,BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm8,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9,BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2,BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn4,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer1,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2,ChIPpeakAnno,chipseq,ChIPseqR,GenomicFeatures,rtracklayer,ShortRead
建议我	Biostrings,GeneRegionScan,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506
版本	1.14.2
自	Bioconductor 1.9 (r - 2.4)

包下载

包的来源	BSgenome_1.14.2.tar.gz
Windows二进制	BSgenome_1.14.2.zip(32位和64位)
MacOS 10.5(豹)二进制	BSgenome_1.14.2.tgz
包下载报告	下载数据