biomaRt

与BioMart数据库(例如ensemble bl, Wormbase和Gramene)的接口

近年来,在公共数据库中可以获得大量的生物数据。全面的生物信息学数据分析需要方便地获取这些宝贵的数据资源,并与数据分析紧密结合。biomaRt为实现biomaRt软件套件的数据库提供了一个接口(http://www.biomart.org)。该包支持以统一的方式检索大量数据,而不需要知道底层数据库模式或编写复杂的SQL查询。BioMart数据库的例子有ensemble bl、Uniprot、Gramene、Wormbase和HapMap。这些主要数据库使生物art用户可以直接访问各种数据集,并实现从基因注释到数据库挖掘的广泛强大的在线查询。

作者 Steffen Durinck, Wolfgang Huber, Sean Davis
维护人员 史蒂芬Durinck

要安装这个包,启动R并输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“biomaRt”)

文档

生物art用户指南 PDF R脚本
参考手册

细节

biocViews
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许可证 艺术- 2.0
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发展历史 Bioconductor更新日志

包下载

包的来源 biomaRt_2.0.0.tar.gz
Windows二进制 biomaRt_2.0.0.zip
MacOS X 10.4 (Tiger)二进制文件 biomaRt_2.0.0.tgz
MacOS X 10.5 (Leopard)二进制文件 biomaRt_2.0.0.tgz
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