| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| ABarray | 永明安德鲁太阳 | 微阵列QA和统计数据分析应用生物系统公司基因组调查Micorarray (AB1700)基因表达数据。 |
| affy | 拉斐尔·a·伊 | 方法Affymetrix寡核苷酸阵列 |
| affycomp | 拉斐尔·a·伊 | 图形工具箱Affymetrix表达的评估措施 |
| AffyCompatible | 马丁•摩根 | Affymetrix GeneChip软件兼容性 |
| affycoretools | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 函数用于那些做重复性分析与Affymetrix GeneChips。 |
| AffyExpress | Xuejun阿瑟·李 | Affymetrix质量评估和分析工具 |
| affylmGUI | 基斯Satterley | GUI使用limma affy分析包 |
| affypdnn | Laurent Gautier | 最近的邻居(PDNN)调查依赖affy包 |
| affyPLM | 本Bolstad | 方法拟合probe-level模型 |
| affyQCReport | 克雷格Parman | 为affyBatch对象QC报告生成 |
| Agi4x44PreProcess | 佩德罗Lopez-Romero | 安捷伦4 x44数组数据的预处理 |
| altcdfenvs | Laurent Gautier | 选择提供环境(又名probeset映射) |
| annaffy | 科林·a·史密斯 | Affymetrix生物元数据注释工具 |
| aroma.light | 亨利克·本特松 | 轻量级的微阵列数据的归一化和可视化方法只使用基本的R数据类型 |
| ArrayExpress | 奥黛丽考夫曼 | 访问ArrayExpress微阵列数据库在EBI和构建Bioconductor数据结构:ExpressionSet, AffyBatch NChannelSet |
| arrayQualityMetrics | 奥黛丽考夫曼 | 质量标准在微阵列数据集 |
| ArrayTools | 亚瑟•李 | geneChip分析包 |
| beadarray | 马克·邓宁 | 质量评估和低级Illumina公司BeadArray数据分析 |
| 桥 | 拉斐尔Gottardo | 贝叶斯强劲的推理微分基因表达 |
| codelink | 迭戈Diez | 操纵Codelink Bioarrays数据。 |
| 国王杯 | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 函数来执行癌症离群值剖面分析。 |
| exonmap | Crispin米勒 | 高水平的分析Affymetrix外显子数组的数据 |
| gcrma | z吴 | 背景调整使用序列信息 |
| GeneRegionScan | Lasse Folkersen | GeneRegionScan |
| GEOquery | 肖恩·戴维斯 | 从NCBI基因表达综合(GEO)获得数据 |
| GlobalAncova | r·迈斯特 | 计算全球测试组间差异基因表达 |
| globaltest | Jelle Goeman | 测试协会组织的基因与临床变量 |
| lapmix | Yann Ruffieux | 拉普拉斯混合模型在微阵列实验 |
| limma | 戈登•史密斯 | 微阵列数据的线性模型 |
| 光民 | 杜潘 | BeadArray Illumina公司芯片的具体方法 |
| 时间的 | 约翰内斯Rainer | 芯片微阵列数据分析的数据库和效用函数。 |
| makecdfenv | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 提供环境制造商 |
| makePlatformDesign | Benilton卡瓦略 | 平台设计方案 |
| 益生元 | Benilton卡瓦略 | 低级的寡核苷酸阵列分析的工具。 |
| oneChannelGUI | 拉斐尔一Calogero | 这个包扩展affylmGUI图形界面的功能。Affymetrix 3 '看,基因外显子数组实际上是实现togheter Illumina公司,GEO矩阵系列文件和标签分隔的文件。 |
| plw | 马格努斯搁浅地 | 调查当地主持加权t水平。 |
| 彪马 | 理查德·皮尔森 | 传播微阵列分析的不确定性 |
| RefPlus | Kai-Ming常 | 一组函数外推的策略(RMA +)和外推平均(RMA + +)方法。 |
| RLMM | Nusrat Rabbee | 一个基因型算法呼吁Affymetrix SNP数组 |
| SAGx | 每Broberg | GeneChip的统计分析 |
| simpleaffy | Crispin米勒 | 非常简单的Affymetrix数据的高级分析 |
| tilingArray | (徐 | 记录映射与高密度寡核苷酸花砖数组 |
| vsn | 沃尔夫冈•休伯 | 微阵列数据的方差稳定化和校准 |
| webbioc | 科林·a·史密斯 | Bioconductor Web界面 |
| xps | 基督教Stratowa | 处理和分析Affymetrix寡核苷酸阵列包括外显子数组,全基因组阵列和板阵列 |
| yaqcaffy | 劳伦特与 | Affymetrix表达数据质量控制和再现性分析 |