| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| aCGH | 简Fridlyand | 阵列比较基因组杂交数据的类和函数。 |
| affxparser | Kasper丹尼尔·汉森 | Affymetrix SDK文件解析 |
| AffyCompatible | 马丁•摩根 | Affymetrix GeneChip软件兼容性 |
| affyContam | 诉凯利 | 结构化的腐败affymetrix玻璃纸文件数据 |
| AffyExpress | Xuejun阿瑟·李 | Affymetrix质量评估和分析工具 |
| affyio | 本杰明·米洛Bolstad | 解析Affymetrix数据文件的工具 |
| affylmGUI | 基斯Satterley | GUI使用limma affy分析包 |
| AnnotationDbi | Biocore团队c / o BioC用户列表 | 注释数据库接口 |
| apComplex | 丹尼斯Scholtens | 估计蛋白质复杂的会员使用AP-MS数据 |
| aroma.light | 亨利克·本特松 | 轻量级的微阵列数据的归一化和可视化方法只使用基本的R数据类型 |
| ArrayExpress | 奥黛丽考夫曼 | 访问ArrayExpress微阵列数据库在EBI和构建Bioconductor数据结构:ExpressionSet, AffyBatch NChannelSet |
| arrayMvout | 诉凯利 | 多元异常值检测表达阵列QA |
| arrayQuality | 艾格尼丝Paquet | 数组质量评估发现数组 |
| ArrayTools | 亚瑟•李 | geneChip分析包 |
| beadarraySNP | 1月东 | 标准化和报告的Illumina公司SNP珠阵列 |
| Biobase | Biocore团队c / o BioC用户列表 | Bioconductor Biobase:基函数 |
| BiocCaseStudies | Biocore团队c / o BioC用户列表 | BiocCaseStudies:支持案例研究专著 |
| biocDatasets | l . Gautier | 合成数据集对bioconductor |
| biocGraph | Florian Hahne | 在生物信息学和用例图示例 |
| biocViews | Biocore团队c / o BioC用户列表 | 分类视图的R包存储库 |
| BioMVCClass | 伊丽莎白·惠伦 | 模型-视图-控制器(MVC)使用Biobase的类 |
| Biostrings | h .页面 | 字符串对象代表生物序列,和匹配算法 |
| BSgenome | h .页面 | 基础设施Biostrings-based基因组数据的包 |
| BufferedMatrix | 本杰明·米洛Bolstad | 一个矩阵数据存储对象保存在临时文件 |
| BufferedMatrixMethods | b . m . Bolstad | 微阵列数据相关的方法,形式美而言BufferedMatrix对象 |
| cellHTS | Ligia胸罩 | 分析基于单元的屏幕 |
| cellHTS2 | Florian Hahne | 分析细胞屏幕- cellHTS的修订版本 |
| CGHbase | 会发生Vosse | CGHbase:基函数和类arrayCGH数据分析。 |
| CGHcall | 会发生Vosse | 畸变呼吁全息阵列肿瘤概要文件。 |
| CGHregions | 会发生Vosse | 全息阵列数据的降维以最少的信息丢失。 |
| codelink | 迭戈Diez | 操纵Codelink Bioarrays数据。 |
| 转换 | 绮华(Jean) | 微阵列数据转换对象 |
| 国王杯 | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 函数来执行癌症离群值剖面分析。 |
| CORREP | Dongxiao朱 | 多变量相关性估计和统计推断过程。 |
| cosmoGUI | 奥利弗Bembom | 所使用的GUI构建约束集cosmo包 |
| ctc | 安东尼·卢卡斯 | 集群和树转换。 |
| DynDoc | Biocore团队c / o BioC用户列表 | 动态文档工具 |
| EBImage | 格雷戈勒加索尔 | 图像处理工具箱为R |
| ecolitk | 劳伦特 | 元数据和工具为大肠杆菌 |
| exonmap | Crispin米勒 | 高水平的分析Affymetrix外显子数组的数据 |
| explorase | 迈克尔•劳伦斯 | 探索性数据分析的GUI系统生物学数据 |
| externalVector | Biocore团队c / o BioC用户列表 | 向量R与外部存储对象 |
| flowClust | 拉斐尔Gottardo | 集群的流式细胞术 |
| flowCore | f . Hahne | flowCore:流式细胞仪的基本结构数据 |
| flowQ | f . Hahne | 流式细胞术水准控制 |
| flowUtils | 作者Nishant葛 | 公用事业的流式细胞术 |
| flowViz | Florian Hahne | 可视化的流式细胞术 |
| 群 | 丹特南鲍姆 | 广播数据之间R和其他生物信息学计划 |
| gene2pathway | Holger Froehlich | 预测KEGG通路成员基于InterPro域的单个基因签名 |
| geneplotter | Biocore团队c / o BioC用户列表 | 图形为Bioconductor相关功能 |
| GeneRegionScan | Lasse Folkersen | GeneRegionScan |
| GeneSpring | 索恩de Boer | GeneSpring R集成功能 |
| GeneTraffic | 丹尼尔Iordan | GeneTraffic R集成功能 |
| GenomeGraphs | 史蒂芬Durinck | 从运用绘制基因组信息 |
| genomeIntervals | 朱利安Gagneur | 基因操作的间隔 |
| GEOmetadb | 杰克朱 | 一个编译从NCBI地理元数据 |
| GEOquery | 肖恩·戴维斯 | 从NCBI基因表达综合(GEO)获得数据 |
| goTools | 艾格尼丝Paquet | 功能基因本体数据库 |
| 图 | 罗伯特先生 | 图:一个包来处理图形数据结构 |
| GraphAlignment | Joern p·迈耶 | GraphAlignment |
| GraphAT | 托马斯LaFramboise | 图理论协会测试 |
| GSEABase | Biocore团队c / o BioC用户列表 | 基因集富集的数据结构和方法 |
| Heatplus | 亚历山大plone ( | 一个热图显示协变量和着色集群 |
| 帮助 | 里德·汤普森 | 帮助数据分析的工具 |
| hexbin | 尼古拉斯Lewin-Koh | 六角面元的例程 |
| HilbertVis | 西蒙•安德斯 | 希尔伯特曲线的可视化 |
| HilbertVisGUI | 西蒙•安德斯 | HilbertVisGUI |
| 超图 | 罗伯特先生 | 一个包提供超图数据结构 |
| Icens | Biocore团队c / o BioC用户列表 | NPMLE审查和截断数据 |
| 染色体组型 | 卡尔·j·Dykema | 染色体组型 |
| IRanges | Biocore团队c / o BioC用户列表 | 基础设施用于操作间隔序列 |
| KCsmart | 约玛•德过来 | 多样品aCGH使用内核卷积分析包 |
| KEGGgraph | 张Jitao大卫 | KEGGgraph:图方法在R和Bioconductor KEGG通路 |
| keggorth | VJ凯里 | 图支持KO, KEGG Orthology |
| limma | 戈登•史密斯 | 微阵列数据的线性模型 |
| limmaGUI | 基斯Satterley | GUI对limma包 |
| macat | Joern Toedling | 微阵列染色体分析工具 |
| maCorrPlot | 亚历山大plone ( | 在微阵列数据可视化人工相关性 |
| 时间的 | 约翰内斯Rainer | 芯片微阵列数据分析的数据库和效用函数。 |
| maigesPack | 古斯塔沃·h·斯特维斯 | 函数来处理互补脱氧核糖核酸微阵列数据,包括一些数据分析的方法 |
| makecdfenv | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 提供环境制造商 |
| makePlatformDesign | Benilton卡瓦略 | 平台设计方案 |
| 庄园 | 皮埃尔Neuvial | 全息微阵列正常化 |
| MergeMaid | 于宁波钟 | 合并女仆 |
| Mfuzz | 马提亚Futschik | 软聚类时间序列基因表达数据 |
| 微 | 罗伯特先生 | 数据和函数来处理小分子核糖核酸 |
| minet | 帕特里克·e·迈耶 | 互信息网络推理 |
| MVCClass | 伊丽莎白·惠伦 | 模型-视图-控制器(MVC)类 |
| nem | 基督教本德 | 嵌套的效应模型重建表型层次结构 |
| 益生元 | Benilton卡瓦略 | 低级的寡核苷酸阵列分析的工具。 |
| oligoClasses | Benilton卡瓦略 | 类高通量SNP数组 |
| 奥林 | 马提亚Futschik | 优化的本地intensity-dependent正常化双色微阵列 |
| OLINgui | 马提亚Futschik | 奥林的图形用户界面 |
| oneChannelGUI | 拉斐尔一Calogero | 这个包扩展affylmGUI图形界面的功能。Affymetrix 3 '看,基因外显子数组实际上是实现togheter Illumina公司,GEO矩阵系列文件和标签分隔的文件。 |
| ontoTools | 文斯凯里 | 图和稀疏矩阵处理本体;正式对象的术语来源管理 |
| pathRender | 李长 | 使分子途径 |
| PCpheno | Nolwenn Le Meur | 表型和细胞组织单位 |
| pdInfoBuilder | Benilton卡瓦略 | 平台设计信息包生成器 |
| pgUtils | 约翰内斯Rainer | 效用函数为PostgreSQL数据库 |
| pkgDepTools | 赛斯猎鹰 | 包依赖工具 |
| ppiStats | 托尼蒋介石 | 蛋白质相互作用的统计软件包 |
| 普拉达 | Florian Hahne | 数据分析对细胞功能检测 |
| preprocessCore | 本杰明·米洛Bolstad | 预处理功能的集合 |
| qpgraph | 罗伯特Castelo | 逆向工程与qp-graphs的分子调控网络 |
| quantsmooth | 1月东 | 分位数平滑和基因组数组数据的可视化 |
| RBGL | 李长 | 一个接口来提高图形库 |
| Rdbi | Jianhua张 | 通用数据库方法 |
| RdbiPgSQL | Jianhua张 | PostgreSQL访问 |
| 犹太人的尊称 | 卡尔·j·Dykema | 区域表达偏见 |
| rflowcyt | n LeMeur | 流式细胞术分析统计工具和数据结构 |
| Rgraphviz | Kasper汉森 | 为R图对象提供绘图功能 |
| rHVDM | 马蒂诺Barenco | 隐藏变量的动态建模 |
| 林格 | j . Toedling | R调查ChIP-chip Oligoarrays |
| Rintact | 托尼蒋介石 | 接口EBI完整的蛋白质相互作用数据基础 |
| RNAither | 诺拉Rieber | 统计分析的高通量RNAi屏幕 |
| RpsiXML | 张Jitao大卫 | PSI-MI 2.5 R接口文件 |
| Rredland | VJ凯里 | 接口redland RDF工具 |
| rsbml | 迈克尔•劳伦斯 | 使用libsbml R支持用 |
| rtracklayer | 迈克尔•劳伦斯 | R接口基因组浏览器及其注释 |
| Ruuid | Biocore团队c / o BioC用户列表 | Ruuid:提供统一的惟一ID值 |
| RWebServices | 马丁•摩根 | R功能公开为web服务通过Java /轴/ Apache |
| SAGx | 每Broberg | GeneChip的统计分析 |
| SBMLR | 托马斯Radivoyevitch | SBML-R接口和分析工具 |
| ScISI | 托尼蒋介石 | 在硅片Interactome |
| ShortRead | Biocore团队c / o BioC用户列表 | 基类为高通量测序短内容数据和方法。 |
| SIM卡 | 范Iterson | 综合分析基因表达和copynumber数据 |
| simpleaffy | Crispin米勒 | 非常简单的Affymetrix数据的高级分析 |
| simulatorAPMS | 托尼蒋介石 | 计算模拟了AP-MS技术。 |
| SLGI | Nolwenn Le Meur | 合成致命的基因相互作用 |
| SNPchip | 罗伯特Scharpf | 类和方法对高吞吐量SNP芯片数据 |
| SPIA | Adi Laurentiu Tarca | 信号通路影响分析(SPIA)使用途径代表的证据和不寻常的信号干扰 |
| splicegear | Laurent Gautier | splicegear |
| tilingArray | (徐 | 记录映射与高密度寡核苷酸花砖数组 |
| tkWidgets | j .张 | 基于R tk小部件 |
| topGO | Adrian Alexa | topGO:浓缩分析基因本体 |
| TypeInfo | 邓肯寺郎 | 可选的类型规范原型 |
| VanillaICE | 罗伯特Scharpf | 高通量基因序列的隐马尔可夫模型 |
| 韦弗 | 赛斯猎鹰 | 为处理Sweave文档工具和扩展 |
| webbioc | 科林·a·史密斯 | Bioconductor Web界面 |
| widgetTools | Jianhua张 | 创建一个交互式tcltk小部件 |
| xmapbridge | 蒂姆·耶茨 | 策划文件导出到xmapBridge X:可视化的地图 |
| xps | 基督教Stratowa | 处理和分析Affymetrix寡核苷酸阵列包括外显子数组,全基因组阵列和板阵列 |