| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| ABarray | 永明安德鲁太阳 | 微阵列QA和统计数据分析应用生物系统公司基因组调查Micorarray (AB1700)基因表达数据。 |
| adSplit | 克劳迪奥·Lottaz | 注解驱动的集群 |
| affy | 拉斐尔·a·伊 | 方法Affymetrix寡核苷酸阵列 |
| affycomp | 拉斐尔·a·伊 | 图形工具箱Affymetrix表达的评估措施 |
| AffyCompatible | 马丁•摩根 | Affymetrix GeneChip软件兼容性 |
| affycoretools | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 函数用于那些做重复性分析与Affymetrix GeneChips。 |
| AffyExpress | Xuejun阿瑟·李 | Affymetrix质量评估和分析工具 |
| affyio | 本杰明·米洛Bolstad | 解析Affymetrix数据文件的工具 |
| affylmGUI | 基斯Satterley | GUI使用limma affy分析包 |
| affyPara | 马库斯Schmidberger | 并行预处理方法Affymetrix寡核苷酸阵列 |
| affypdnn | Laurent Gautier | 最近的邻居(PDNN)调查依赖affy包 |
| affyPLM | 本Bolstad | 方法拟合probe-level模型 |
| affyQCReport | 克雷格Parman | 为affyBatch对象QC报告生成 |
| AffyTiling | 查尔斯·g·丹科 | 容易提取个人探针Affymetrix花砖数组 |
| Agi4x44PreProcess | 佩德罗Lopez-Romero | 安捷伦4 x44数组数据的预处理 |
| altcdfenvs | Laurent Gautier | 选择提供环境(又名probeset映射) |
| annaffy | 科林·a·史密斯 | Affymetrix生物元数据注释工具 |
| annotationTools | 亚历山大·库恩 | 注释微阵列和执行跨物种基因表达分析使用平面文件数据库。 |
| apComplex | 丹尼斯Scholtens | 估计蛋白质复杂的会员使用AP-MS数据 |
| aroma.light | 亨利克·本特松 | 轻量级的微阵列数据的归一化和可视化方法只使用基本的R数据类型 |
| ArrayExpress | 奥黛丽考夫曼 | 访问ArrayExpress微阵列数据库在EBI和构建Bioconductor数据结构:ExpressionSet, AffyBatch NChannelSet |
| arrayMvout | 诉凯利 | 多元异常值检测表达阵列QA |
| arrayQuality | 艾格尼丝Paquet | 数组质量评估发现数组 |
| arrayQualityMetrics | 奥黛丽考夫曼 | 质量标准在微阵列数据集 |
| ArrayTools | 亚瑟•李 | geneChip分析包 |
| BAC | 拉斐尔Gottardo | 贝叶斯分析Chip-chip实验 |
| beadarray | 马克·邓宁 | 质量评估和低级Illumina公司BeadArray数据分析 |
| beadarraySNP | 1月东 | 标准化和报告的Illumina公司SNP珠阵列 |
| betr | 阿尔耶前来马丁 | 识别差异表达基因微阵列数据时间进程 |
| BGmix | 亚历克斯·列文 | 贝叶斯模型微分基因表达 |
| bgx | 欧内斯特Turro | 贝叶斯基因表达 |
| BicARE | 皮埃尔Gestraud | Biclustering分析和探索的结果 |
| 桥 | 拉斐尔Gottardo | 贝叶斯强劲的推理微分基因表达 |
| CALIB | 回族赵 | 校准模型估计绝对从微阵列数据表达水平 |
| 相机 | 卡斯滕•库尔 | 质谱数据的收集相关的注释方法 |
| CGHbase | 会发生Vosse | CGHbase:基函数和类arrayCGH数据分析。 |
| CGHcall | 会发生Vosse | 畸变呼吁全息阵列肿瘤概要文件。 |
| cghMCR | j .张 | 发现染色体区域显示共同收益/损失 |
| CGHregions | 会发生Vosse | 全息阵列数据的降维以最少的信息丢失。 |
| codelink | 迭戈Diez | 操纵Codelink Bioarrays数据。 |
| 转换 | 绮华(Jean) | 微阵列数据转换对象 |
| 国王杯 | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 函数来执行癌症离群值剖面分析。 |
| CORREP | Dongxiao朱 | 多变量相关性估计和统计推断过程。 |
| crlmm | 罗伯特•Scharpf Benilton卡瓦略,马特·里奇 | 基因型(CRLMM)和拷贝数分析工具呼吁Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina公司数组。 |
| ctc | 安东尼·卢卡斯 | 集群和树转换。 |
| daMA | Jobst Landgrebe | 高效的阶乘双色设计和分析微阵列数据 |
| DEDS | 肖渊源 | 微分表达式通过距离微阵列数据的总结 |
| DFP | 罗德里戈Alvarez-Glez | 基因选择 |
| diffGeneAnalysis | Choudary Jagarlamudi | 执行差异基因表达分析 |
| DNAcopy | 万卡特拉曼·莱马克里斯·e·珊 | DNA拷贝数的数据分析 |
| dualKS | 埃里克j . Kort | 双重KS判别分析和分类 |
| dyebias | 菲利普Lijnzaad | gene-specific染料偏见的方法正确 |
| exonmap | Crispin米勒 | 高水平的分析Affymetrix外显子数组的数据 |
| explorase | 迈克尔•劳伦斯 | 探索性数据分析的GUI系统生物学数据 |
| factDesign | 丹尼斯Scholtens | 的阶乘设计微阵列实验分析 |
| fdrame | 有效率切尼克斯贝格 | 罗斯福调整微阵列实验(FDR-AME) |
| flagme | 马克。罗宾逊 | 代谢组学分析GC / MS数据 |
| flowCore | f . Hahne | flowCore:流式细胞仪的基本结构数据 |
| flowFlowJo | 约翰·j·Gosink | 从FlowJo工作区中提取信息的工具和使用中的数据flowCore范例。 |
| flowQ | f . Hahne | 流式细胞术水准控制 |
| flowStats | Florian Hahne | 流式细胞仪数据的统计方法进行分析 |
| flowUtils | 作者Nishant葛 | 公用事业的流式细胞术 |
| flowViz | Florian Hahne | 可视化的流式细胞术 |
| gcrma | z吴 | 背景调整使用序列信息 |
| genArise | 国际金融公司的开发团队 | 微阵列分析工具 |
| gene2pathway | Holger Froehlich | 预测KEGG通路成员基于InterPro域的单个基因签名 |
| genefilter | Biocore团队c / o BioC用户列表 | genefilter:筛选基因微阵列实验的方法 |
| geneRecommender | 格雷格已经 | 一个基因推荐算法来识别基因coexpressed与查询的一组基因 |
| GeneRegionScan | Lasse Folkersen | GeneRegionScan |
| GeneTraffic | 丹尼尔Iordan | GeneTraffic R集成功能 |
| GenomeGraphs | 史蒂芬Durinck | 从运用绘制基因组信息 |
| GEOquery | 肖恩·戴维斯 | 从NCBI基因表达综合(GEO)获得数据 |
| 很高兴 | 菲利普Hupe | DNA的得失分析 |
| GlobalAncova | r·迈斯特 | 计算全球测试组间差异基因表达 |
| globaltest | Jelle Goeman | 测试协会组织的基因与临床变量 |
| goProfiles | 亚历克斯·桑切斯 | goProfiles: R包统计分析功能的配置文件 |
| goTools | 艾格尼丝Paquet | 功能基因本体数据库 |
| gpl | Biocore团队c / o BioC用户列表 | 使用广义偏最小二乘回归分类 |
| GSEAlm | 艾瑟夫巴德或者 | 线性模型工具集基因集富集分析 |
| Heatplus | 亚历山大plone ( | 一个热图显示协变量和着色集群 |
| 帮助 | 里德·汤普森 | 帮助数据分析的工具 |
| 哼哼 | HyungJun曹 | 非均匀误差模型在多种条件下的差异表达基因的识别 |
| 嫁祸于 | Balasubramanian纳史木汗 | 转嫁:微阵列数据的归责 |
| 斜体 | Guillem Rigaill | 斜体 |
| iterativeBMA | 卡伊杨 | 贝叶斯模型平均迭代算法(BMA) |
| iterativeBMAsurv | 卡伊杨 | 贝叶斯模型平均(BMA)算法的迭代进行生存分析 |
| KCsmart | 约玛•德过来 | 多样品aCGH使用内核卷积分析包 |
| lapmix | Yann Ruffieux | 拉普拉斯混合模型在微阵列实验 |
| limma | 戈登•史密斯 | 微阵列数据的线性模型 |
| limmaGUI | 基斯Satterley | GUI对limma包 |
| LMGene | 约翰·蒂 | LMGene日期转换软件和识别差异表达基因的基因表达的数组 |
| logitT | 托拜厄斯Guennel | logit-t包 |
| 简述 | Nitin耆那教徒的 | 方法分析微阵列数据使用本地集中错误(简述)方法 |
| LPEadj | 卡尔Murie | 修正的地方集中错误(简述)方法来取代渐近方差无偏调整基于样本大小调整。 |
| 光民 | 杜潘 | BeadArray Illumina公司芯片的具体方法 |
| maanova | 基思·谢泼德 | 分析微阵列实验的工具 |
| macat | Joern Toedling | 微阵列染色体分析工具 |
| maCorrPlot | 亚历山大plone ( | 在微阵列数据可视化人工相关性 |
| 时间的 | 约翰内斯Rainer | 芯片微阵列数据分析的数据库和效用函数。 |
| maigesPack | 古斯塔沃·h·斯特维斯 | 函数来处理互补脱氧核糖核酸微阵列数据,包括一些数据分析的方法 |
| makecdfenv | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 提供环境制造商 |
| makePlatformDesign | Benilton卡瓦略 | 平台设计方案 |
| 庄园 | 皮埃尔Neuvial | 全息微阵列正常化 |
| marray | 绮华(Jean) | 探索性分析可以发现微阵列数据 |
| maSigPro | 安娜Conesa | 显著的基因表达谱差异时间进程微阵列数据 |
| MassSpecWavelet | 杜潘 | 质谱处理小波算法 |
| matchprobes | Biocore团队c / o BioC用户列表 | 基础设施使用寡核苷酸微阵列记者序列信息预处理和质量评估 |
| MEDME | 马狄亚 | 造型从MeDIP浓缩实验数据 |
| MergeMaid | 于宁波钟 | 合并女仆 |
| metaArray | 遭受崔 | 集成微阵列数据的荟萃分析 |
| metahdep | 约翰·r·史蒂文斯 | 分层的依赖在荟萃分析 |
| Mfuzz | 马提亚Futschik | 软聚类时间序列基因表达数据 |
| minet | 帕特里克·e·迈耶 | 互信息网络推理 |
| MiPP | Sukwoo金 | 误分类处罚后分类 |
| 多屏幕 | Mizanur Khondoker | R包组合多个扫描 |
| 乘 | 凯瑟琳·s·波拉德 | Resampling-based多重假设检验 |
| nem | 基督教本德 | 嵌套的效应模型重建表型层次结构 |
| nnNorm | Adi Laurentiu Tarca | 基于空间和强度的正常化互补脱氧核糖核酸微阵列数据基于鲁棒神经网络 |
| 推动 | n .院长 | 正常的统一微分基因表达检测 |
| OCplus | 亚历山大plone ( | 操作特征以及样本容量和本地罗斯福微阵列实验 |
| 益生元 | Benilton卡瓦略 | 低级的寡核苷酸阵列分析的工具。 |
| 奥林 | 马提亚Futschik | 优化的本地intensity-dependent正常化双色微阵列 |
| OLINgui | 马提亚Futschik | 奥林的图形用户界面 |
| oneChannelGUI | 拉斐尔一Calogero | 这个包扩展affylmGUI图形界面的功能。Affymetrix 3 '看,基因外显子数组实际上是实现togheter Illumina公司,GEO矩阵系列文件和标签分隔的文件。 |
| OrderedList | 克劳迪奥·Lottaz | 相似基因的有序列表 |
| OutlierD | Sukwoo金 | 异常值检测利用分位数回归在—高通量数据的散点图 |
| pamr | Rob Tibshirani | 帕姆:预测分析微阵列 |
| pcot2 | 莎拉的歌 | 主坐标和霍特林的丁字尺方法 |
| PGSEA | 卡尔Dykema | 参数基因集富集分析 |
| pickgene | 布莱恩·扬德尔 | 适应性基因芯片表达数据分析 |
| plgem | 诺曼·帕夫卡 | 幂律全局误差模型 |
| PLPE | Soo-heang Eo | 当地集中错误检测与配对的高通量数据微分表达式 |
| plw | 马格努斯搁浅地 | 调查当地主持加权t水平。 |
| 过程 | 小春就李 | Ciphergen SELDI-TOF处理 |
| 彪马 | 理查德·皮尔森 | 传播微阵列分析的不确定性 |
| qpgraph | 罗伯特Castelo | 逆向工程与qp-graphs的分子调控网络 |
| 罗摩 | 拉斐尔Gottardo | 强大的微阵列分析 |
| rbsurv | Soo-heang Eo | 强大的基于可能性生存与微阵列数据建模 |
| Rdisop | 史蒂芬诺依曼 | 同位素模式的分解 |
| 犹太人的尊称 | 卡尔·j·Dykema | 区域表达偏见 |
| RefPlus | Kai-Ming常 | 一组函数外推的策略(RMA +)和外推平均(RMA + +)方法。 |
| Resourcerer | Jianhua张 | 读取注释数据从TIGR Resourcerer或注释数据转换成pacakge Bioconductor数据。 |
| rHVDM | 马蒂诺Barenco | 隐藏变量的动态建模 |
| 林格 | j . Toedling | R调查ChIP-chip Oligoarrays |
| RLMM | Nusrat Rabbee | 一个基因型算法呼吁Affymetrix SNP数组 |
| RMAGEML | 史蒂芬Durinck | 处理MAGEML文档 |
| Rmagpie | 卡米尔Maumet | 微阵列Gene-expression-based错误率评估程序 |
| rMAT | Arnaud所有权和拉斐尔Gottardo | R实现从垫程序规范化和分析花砖数组和ChIP-chip数据。 |
| sagenhaft | 蒂姆Beissbarth | 为阅读和比较圣人库函数的集合 |
| SAGx | 每Broberg | GeneChip的统计分析 |
| siggenes | Holger Schwender | 多个测试使用萨姆和埃夫隆的经验贝叶斯方法 |
| SIM卡 | 范Iterson | 综合分析基因表达和copynumber数据 |
| simpleaffy | Crispin米勒 | 非常简单的Affymetrix数据的高级分析 |
| simulatorAPMS | 托尼蒋介石 | 计算模拟了AP-MS技术。 |
| sizepower | Weiliang邱 | 在Micorarray研究中样本容量和功率计算 |
| SMAP | 罗宾·安德森 | 一个节段最大后验全息阵列拷贝数分析方法 |
| snapCGH | 约翰Marioni | aCGH数据的分割,正常化和处理。 |
| snpMatrix | 大卫·克莱顿 | 苏格兰民族党。矩阵和X.snp。矩阵类 |
| SPIA | Adi Laurentiu Tarca | 信号通路影响分析(SPIA)使用途径代表的证据和不寻常的信号干扰 |
| spikeLI | 恩里科Carlon | Affymetrix激增朗缪尔等温线数据分析工具 |
| spkTools | 马修·N考尔 | 在数组的方法 |
| spotSegmentation | 克里斯Fraley | 微阵列点分割和网格块微阵列斑点 |
| ssize | 格雷戈里·r·警告 | 样本量估计微阵列 |
| SSPA | 范Iterson | 微阵列数据的样本大小和动力分析 |
| 斯塔姆 | 克劳迪奥·Lottaz | 微阵列数据的结构化分析 |
| stepNorm | 肖渊源 | 逐步正常化互补脱氧核糖核酸微阵列的功能 |
| TargetSearch | Alvaro Cuadros-Inostroza | 一个包的gc - ms代谢物分析数据的分析。 |
| tilingArray | (徐 | 记录映射与高密度寡核苷酸花砖数组 |
| timecourse | 玉川泰 | 统计分析发育微阵列时间进程的数据 |
| topGO | Adrian Alexa | topGO:浓缩分析基因本体 |
| tspair | 杰弗里·t .韭菜 | 最高得分对芯片的分类 |
| 《暮光之城》 | 斯蒂芬妮Scheid | 估计当地的错误发现率 |
| vsn | 沃尔夫冈•休伯 | 微阵列数据的方差稳定化和校准 |
| webbioc | 科林·a·史密斯 | Bioconductor Web界面 |
| xcms | 科林·a·史密斯 | LC / MS与GC / MS数据分析 |
| XDE | 罗伯特Scharpf | XDE:贝叶斯分层模型cross-study差异基因表达分析 |
| xps | 基督教Stratowa | 处理和分析Affymetrix寡核苷酸阵列包括外显子数组,全基因组阵列和板阵列 |
| yaqcaffy | 劳伦特与 | Affymetrix表达数据质量控制和再现性分析 |