tilingArray

高密度寡核苷酸平铺阵列分析

该软件包提供了一些功能,可用于高密度平片微阵列数据(如Affymetrix基因芯片)的分析,以测量转录本丰度和结构。这个包的主要功能是:'segmentation'类,用于表示线性序列数据的分区。函数“segment”用于使用快速而准确的动态规划算法拟合分段常数模型,“confint”用于使用结构包计算置信区间。函数'plotAlongChrom'用于生成漂亮的图形。函数'normalizeByReference'用于从一组参考杂交中调整探针序列依赖的响应。

作者 沃尔夫冈·胡贝尔,约恩·托德林,马特·里奇
维护人员 w·休伯

要安装这个包,启动R并输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“tilingArray”)

文档

包下载

信噪比归一化概述及评估。
补充。成本矩阵的计算
介绍使用分段函数拟合分段常数曲线
分割演示
参考手册
包的来源 tilingArray_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 tilingArray_1.20.0.zip
MacOS X 10.4 (Tiger)二进制文件 tilingArray_1.20.0.tgz
MacOS X 10.5 (Leopard)二进制文件 tilingArray_1.20.0.tgz
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细节

biocViews
取决于
R,方法,Biobaseaffy, RColorBrewer, grid, strucchange,vsngenefiltergeneplotter,象图
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许可证 艺术许可,2.0版
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