NCBI基因表达综合(GEO)代表最大的微阵列数据的公共存储库。然而,找到感兴趣的数据可以使用当前的工具是一个挑战。GEOmetadb试图访问元数据与样品、平台和数据集更可行。这是通过所有NCBI地理元数据解析为一个SQLite数据库,可以在本地存储和查询。GEOmetadb只是一个薄包装SQLite数据库以及相关文档。最后,SQLite数据库定期更新为新数据添加到地理,可以随意下载最新的元数据。GEOmetadb纸:http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/short/24/23/2798
| 作者 | 杰克朱和肖恩·戴维斯 |
| 维护人员 | 杰克朱 |
安装这个包,开始R和输入:
源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“GEOmetadb”)
文档 |
包下载 |
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| biocViews | |
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| 取决于 |
GEOquery,RSQLite |
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| 系统需求 | |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| URL | http://gbnci.abcc.ncifcrf.gov/geo/ |
| 取决于我 | |
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| 发展历史 | Bioconductor更新日志 |