Bioconductor任务视图:软件

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维护人员 标题
ABarray 孙永明 应用生物系统基因组调查微阵列(AB1700)基因表达数据的微阵列QA和统计数据分析。
aCGH 简Fridlyand 阵列比较基因组杂交数据的类和函数。
ACME 肖恩·戴维斯 计算微阵列富集(ACME)算法
adSplit 克劳迪奥·Lottaz 注解驱动的集群
affxparser 卡斯珀·丹尼尔·汉森 Affymetrix文件解析SDK
affy 拉斐尔·a·伊瑞扎里 Affymetrix寡核苷酸阵列方法
affycomp 拉斐尔·a·伊瑞扎里 非词形表达度量评估的图形工具箱
AffyCompatible 马丁•摩根 Affymetrix基因芯片软件兼容性
affyContam 诉凯利 affymetrix cel文件数据的结构化损坏
affycoretools 詹姆斯·w·麦克唐纳 对使用Affymetrix基因芯片进行重复分析有用的函数。
AffyExpress 李学军 Affymetrix质量评估和分析工具
affyio 本杰明·米洛·博尔斯塔德 用于解析Affymetrix数据文件的工具
affylmGUI 基斯Satterley 使用limma包进行affy分析的GUI
affyPara 马库斯Schmidberger Affymetrix寡核苷酸阵列的并行预处理方法
affypdnn Laurent Gautier 探测affy包的依赖近邻(PDNN)
affyPLM 本Bolstad 探针级模型的拟合方法
affyQCReport 克雷格Parman 为affyBatch对象生成QC报告
Agi4x44PreProcess 佩德罗Lopez-Romero 安捷伦4x44阵列数据的预处理
altcdfenvs Laurent Gautier 备选CDF环境(又名映射)
annaffy 科林·a·史密斯 Affymetrix生物元数据的注释工具
AnnBuilder j .张 Bioconductor注释数据包构建器
注释 Biocore Team c/o BioC用户列表 微阵列注释
AnnotationDbi Biocore Team c/o BioC用户列表 标注数据库接口
annotationTools 亚历山大·库恩 注释微阵列和执行跨物种基因表达分析使用平面文件数据库。
apComplex 丹尼斯Scholtens 利用AP-MS蛋白质数据估计蛋白质复合体的隶属度
aroma.light 亨利克·本特松 仅使用基本R数据类型的微阵列数据规范化和可视化的轻量级方法
ArrayExpress 奥黛丽考夫曼 在EBI访问ArrayExpress Microarray数据库并构建Bioconductor数据结构:ExpressionSet, AffyBatch, NChannelSet
arrayMvout 诉凯利 表达数组质量保证的多元离群值检测
arrayQuality 艾格尼丝Paquet 评估点状阵列上的阵列质量
arrayQualityMetrics 奥黛丽考夫曼 微阵列数据集的质量度量
ArrayTools 亚瑟•李 基因芯片分析包
BAC 拉斐尔Gottardo 芯片实验的贝叶斯分析
BCRANK 亚当Ameur 从排序的DNA序列预测结合位点一致性
beadarray 马克·邓宁 Illumina BeadArray数据的质量评估和底层分析
beadarraySNP 1月东 Illumina SNP珠阵列的规范化和报告
bgafun 伊恩•华莱士 一种鉴定蛋白质家族残基的方法
BGmix 亚历克斯·列文 差异基因表达的贝叶斯模型
bgx 欧内斯特Turro 贝叶斯基因表达
BicARE Pierre Gestraud, BicARE
Biobase Biocore Team c/o BioC用户列表 Biobase: Bioconductor的基函数
BiocCaseStudies Biocore Team c/o BioC用户列表 bioccasionally Studies:支持案例研究专著
biocGraph 李长 生物信息学中的图表示例和用例
biocViews Biocore Team c/o BioC用户列表 R包存储库的分类视图
bioDist Biocore Team c/o BioC用户列表 不同的距离测量
biomaRt 史蒂芬Durinck 与BioMart数据库(例如ensemble bl, Wormbase和Gramene)的接口
BioMVCClass 伊丽莎白·惠伦 模型-视图-控制器(MVC)类使用Biobase
Biostrings h .页面 表示生物序列的字符串对象,以及匹配算法
拉斐尔Gottardo 差异基因表达的贝叶斯鲁棒推理
BSgenome h .页面 基于生物链的基因组数据包的基础设施
BufferedMatrix 本杰明·米洛·博尔斯塔德 在临时文件中保存的矩阵数据存储对象
BufferedMatrixMethods B. M.博尔斯塔德 使用BufferedMatrix对象的Microarray数据相关方法
CALIB 回族赵 从微阵列数据估计绝对表达水平的校准模型
类别 罗伯特先生 类别分析
cellHTS Ligia胸罩 细胞筛选分析
cellHTS2 Florian Hahne 细胞筛选的分析。cellHTS的修订版
CGHbase 会发生Vosse CGHbase:用于arrayCGH数据分析的基函数和类。
CGHcall 会发生Vosse 调用阵列CGH肿瘤剖面畸变。
cghMCR j .张 找到显示共同增益/损失的染色体区域
CGHregions 会发生Vosse 最小化信息损失的阵列CGH数据降维方法。
ChemmineR Y.曹爱迪 复合数据挖掘框架
clusterStab 詹姆斯·w·麦克唐纳 计算微阵列数据的集群稳定性分数
CMA 马丁Slawski 基于微阵列的综合分类
CoCiteStats r .绅士 基于共引的不同测试统计。
codelink 迭戈Diez Codelink生物阵列数据的操作。
转换 杨怡华(Jean) 转换微阵列数据对象
国王杯 詹姆斯·w·麦克唐纳 执行癌症异常值分析的功能。
CORREP Dongxiao朱 多元相关估计和统计推断程序。
科兹摩 奥利弗Bembom DNA序列中保守基序的监督检测
cosmoGUI 奥利弗Bembom 用于构造cosmo包使用的约束集的GUI
ctc 安东尼·卢卡斯 集群和树转换。
daMA Jobst Landgrebe 阶乘双色微阵列数据的高效设计与分析
DEDS 肖渊源 微阵列数据的距离汇总差分表达式
DFP 罗德里戈Alvarez-Glez 基因选择
diffGeneAnalysis Choudary Jagarlamudi 执行差异基因表达分析
DNAcopy Venkatraman E. Seshan DNA拷贝数数据分析
domainsignatures Florian Hahne 基于InterPro域签名的基因集丰富
dualKS 埃里克·j·科特 双KS判别分析与分类
DynDoc Biocore Team c/o BioC用户列表 动态文档工具
EBarrays 明元 同时进行基因聚类和差异表达识别的统一方法
EBImage 格雷戈勒加索尔 图像处理和图像分析工具包R
ecolitk 劳伦特 大肠杆菌的元数据和工具
edd 文斯凯里 表达密度诊断
刨边机 马克。罗宾逊 R .基因数字表达数据的实证分析
exonmap Crispin米勒 Affymetrix外显子阵列数据的高水平分析
explorase 迈克尔•劳伦斯 用于系统生物学数据的探索性数据分析的GUI
externalVector Biocore Team c/o BioC用户列表 带有外部存储的R的向量对象
factDesign 丹尼斯Scholtens 析因设计微阵列实验分析
fbat R遗传学项目 基因数据的基于家族的关联测试。
fdrame 有效率切尼克斯贝格 微阵列实验FDR调整(FDR- ame)
flowClust 拉斐尔Gottardo 流式细胞术的聚类
flowCore Nolwenn Le Meur flowCore:流式细胞仪数据的基本结构
flowQ 勒默尔 流式细胞仪的质量控制
flowUtils 作者Nishant葛 流式细胞仪实用程序
flowViz Florian Hahne 流式细胞术可视化
gaga 大卫Rossell 用于微阵列数据分析的GaGa层次模型
丹特南鲍姆 在R和其他生物信息学程序之间广播数据
gcrma z吴 利用序列信息进行背景调整
genArise 国际金融公司发展小组 微阵列分析工具
genefilter Biocore Team c/o BioC用户列表 基因过滤器:从微阵列实验中过滤基因的方法
GeneMeta Biocore Team c/o BioC用户列表 高通量实验的元分析
geneplotter Biocore Team c/o BioC用户列表 Bioconductor的图形相关功能
总的来说 y d 'Aubenton-Carafa R代表基因和序列分析
geneRecommender 格雷格已经 一种基因推荐算法,用于识别与查询集基因共表达的基因
GeneRfold 安东尼·卢卡斯 R为基因和序列,使用viennaRNA包(折叠)
GeneSelector 马丁Slawski GeneSelector
GeneSpring Thon de Boer genspring R集成函数
GeneticsBase R遗传学项目 处理遗传数据的类和函数
GeneticsDesign R遗传学项目 设计遗传学研究的功能
GeneticsPed R遗传学项目 谱系和遗传关系功能
GeneTraffic 丹尼尔Iordan GeneTraffic R集成功能
GenomeGraphs 史蒂芬Durinck 绘制ensemble的基因组信息
GEOmetadb 杰克朱 来自NCBI GEO的元数据汇编
GEOquery 肖恩·戴维斯 从NCBI基因表达Omnibus (GEO)获取数据
GGBase 文斯凯里 基因表达遗传学基础设施(c) 2008 VJ Carey
GGtools 文斯凯里 基因基因组学软件和数据(c) 2006 VJ Carey
很高兴 菲利普Hupe DNA得失分析
GlobalAncova r·迈斯特 计算组间差异基因表达的全局测试
globaltest Jelle Goeman 检测具有临床变量的基因组的关联
goProfiles 亚历克斯·桑切斯 goProfiles:一个用于功能配置文件统计分析的R包
GOstats 罗伯特先生 用于操作GO和微阵列的工具。
goTools 艾格尼丝Paquet 基因本体数据库功能
gpl Biocore Team c/o BioC用户列表 广义偏最小二乘分类
罗伯特先生 graph:处理图数据结构的包
GraphAlignment 约翰·p·迈耶 GraphAlignment
GraphAT 托马斯LaFramboise 图论关联测验
GSEABase Biocore Team c/o BioC用户列表 基因集富集数据结构与方法
GSEAlm 艾瑟夫巴德或者 基因集富集分析的线性模型工具集
Harshlight 莫里吉奥Pellegrino 一种微阵列芯片的“校正化妆”程序
Heatplus 亚历山大plone ( 显示协变量和着色集群的热图
帮助 里德·f·汤普森 帮助数据分析工具
哼哼 HyungJun曹 多条件下差异表达基因鉴别的异构误差模型
hexbin 尼古拉斯Lewin-Koh 六边形装箱例程
HilbertVis 西蒙•安德斯 希尔伯特曲线可视化
HilbertVisGUI 西蒙•安德斯 HilbertVisGUI
hopach 凯瑟琳·s·波拉德 分层有序分区和折叠混合(HOPACH)
超图 罗伯特先生 提供超图数据结构的包
Icens Biocore Team c/o BioC用户列表 删减和截断数据的NPMLE
染色体组型 卡尔·j·戴科玛 染色体组型
嫁祸于 Balasubramanian纳史木汗 impute:微阵列数据的impute
IRanges Biocore Team c/o BioC用户列表 用于存储整型范围集的低级容器
斜体 Guillem Rigaill 斜体
iterativeBMA 杨嘉怡 迭代贝叶斯模型平均算法
iterativeBMAsurv 杨嘉怡 生存分析的迭代贝叶斯模型平均(BMA)算法
KCsmart Jorma de Ronde 多样本aCGH分析包使用核卷积
keggorth VJ凯里 图形支持KO, KEGG Orthology
KEGGSOAP 罗伯特先生 客户端SOAP访问KEGG
lapmix Yann Ruffieux 微阵列实验中的拉普拉斯混合模型
LBE 西里尔Dalmasso 错误发现率的估计。
limma 戈登•史密斯 微阵列数据的线性模型
limmaGUI 基斯Satterley 用于limma包的GUI
LMGene 约翰·蒂 用于基因表达阵列中差异表达基因的数据转换和鉴定的LMGene软件
logicFS Holger Schwender SNP相互作用的鉴定
logitT 托拜厄斯Guennel logit-t包
简述 Nitin耆那教徒的 微阵列数据的局部合并误差分析方法
LPEadj 卡尔Murie 修正局部合并误差(LPE)方法,以基于样本量的无偏调整取代渐近方差调整。
光民 杜潘 Illumina微阵列的BeadArray特定方法
maanova Hyuna杨 分析微阵列实验的工具
macat Joern Toedling 微阵列染色体分析工具
maCorrPlot 亚历山大plone ( 可视化微阵列数据中的人工相关性
时间的 约翰内斯Rainer 微阵列数据库和微阵列数据分析的实用功能。
made4 Aedin Culhane 利用ADE4对微阵列数据进行多元分析
maigesPack Gustavo H. Esteves 处理cDNA微阵列数据的功能,包括数据分析的几种方法
makecdfenv 詹姆斯·w·麦克唐纳 CDF环境生成器
makePlatformDesign Benilton卡瓦略 平台设计包
庄园 皮埃尔Neuvial CGH微阵列归一化
MantelCorr 布莱恩Steinmeyer 计算壁炉架集群相关性
marray 杨怡华(Jean) 双色斑点微阵列数据的探索性分析
maSigPro 安娜Conesa 时间过程微阵列数据中基因表达谱的显著差异
MassSpecWavelet 杜潘 基于小波算法的质谱处理
matchprobes Biocore Team c/o BioC用户列表 利用寡核苷酸微阵列报告序列信息进行预处理和质量评估的基本基础设施
mdqc 加芙Cohen-Freue 微阵列的马氏距离质量控制
MeasurementError.cor 坞城叮 相关系数的测量误差模型估计
MEDME 马狄亚 来自MeDIP富集的模拟实验数据
MergeMaid 于宁波钟 合并女仆
metaArray 遭受崔 集成微阵列数据进行元分析
Mfuzz 马提亚Futschik 时间序列基因表达数据的软聚类
罗伯特先生 处理microRNAs的数据和函数
minet 帕特里克·e·迈耶 互信息网络推断
MiPP Sukwoo金 错误分类惩罚后验分类
miRNApath 詹姆斯·m·沃德 miRNApath: miRNA表达数据的富集途径
MLInterfaces 诉凯利 生物导体容器中数据的R机器学习过程的统一接口
多屏幕 Mizanur Khondoker 用于组合多个扫描的R包
凯瑟琳·s·波拉德 基于重采样的多重假设检验
MVCClass 伊丽莎白·惠伦 模型-视图-控制器(MVC)类
nem Florian Markowetz 嵌套效应模型来重建表型层次结构
nnNorm 阿迪·劳伦提乌·塔尔卡 基于鲁棒神经网络的cDNA微阵列数据的空间和强度归一化
推动 n .院长 正态均匀差分基因表达检测
occugene 奥利弗将 多项式占用分布函数
OCplus 亚历山大plone ( 微阵列实验的操作特性、样本量和局部fdr
益生元 Benilton卡瓦略 寡核苷酸阵列
oligoClasses Benilton卡瓦略 用于高吞吐量SNP阵列的类
奥林 马提亚Futschik 优化的局部强度相关的双色微阵列归一化
OLINgui 马提亚Futschik OLIN的图形用户界面
oneChannelGUI Raffaele A Calogero 这个包扩展了affylmGUI图形界面的功能。Affymetrix 3’IVT,基因外显子阵列实际与Illumina、GEO矩阵系列文件和制表符分隔文件一起实现。
ontoTools 文斯凯里 用于使用本体的图和稀疏矩阵;具有出处管理的命名的正式对象
OrderedList 克劳迪奥·Lottaz 有序基因表的相似性
OutlierD Sukwoo金 在高通量数据的M-A散点图上使用分位数回归进行离群值检测
pamr Rob Tibshirani 微阵列预测分析
panp 华伦 负链匹配探针集的存在-缺席调用
拙劣的模仿 VJ凯里 参数化和抗异常值检测
pathRender 李长 渲染分子路径
pcaMethods Wolfram Stacklies PCA方法的集合。
pcot2 莎拉的歌 主坐标和霍特林t平方法
PCpheno Nolwenn Le Meur 表型和细胞组织单位
pdInfoBuilder Benilton卡瓦略 平台设计信息包构建器
pdmclass 詹姆斯·w·麦克唐纳 基于惩罚判别法的微阵列样品分类
PGSEA 卡尔Dykema 参数基因集富集分析
pgUtils 约翰内斯Rainer PostgreSQL数据库的实用函数
pickgene Brian S. Yandell 微阵列表达数据分析的自适应基因选择
pkgDepTools 赛斯猎鹰 软件包依赖工具
plgem 马狄亚 幂律全局误差模型
钳子 Crispin米勒 实现Affymetrix PLIER算法
PLPE Soo-heang Eo 配对高通量数据差分表达式的局部合并误差检验
plw 马格努斯搁浅地 局部调节加权t检验。
ppiStats 托尼蒋介石 蛋白质-蛋白质相互作用统计包
普拉达 Florian Hahne 基于细胞功能分析的数据分析
preprocessCore 本杰明·米洛·博尔斯塔德 预处理函数的集合
过程 小春就李 Ciphergen SELDI-TOF处理
彪马 理查德·皮尔森 微阵列分析中的传播不确定性
quantsmooth 1月东 阵列数据的分位数平滑与基因组可视化
qvalue 约翰·d·斯托里 错误发现率控制的q值估计
罗摩 拉斐尔Gottardo 微阵列的稳健分析
RankProd Fangxin香港 鉴别差异表达基因的秩积法及其在元分析中的应用
RbcBook1 文斯凯里 支持施普林格Bioconductor专著
RBGL 李长 BOOST图形库的接口
RBioinf 罗伯特先生 RBioinf
rbsurv Sooheang Eo 基于微阵列数据的稳健可能性生存建模
Rdbi Jianhua张 通用数据库方法
RdbiPgSQL Jianhua张 PostgreSQL访问
Rdisop 史蒂芬诺依曼 同位素模式的分解
犹太人的尊称 卡尔·j·戴科玛 区域表达偏差
RefPlus Kai-Ming常 外推策略(RMA+)和外推平均(RMA++)方法的函数集。
Resourcerer Jianhua张 从TIGR Resourcerer读取注释数据或将注释数据转换为Bioconductor数据包。
rflowcyt n LeMeur 流式细胞分析的统计工具和数据结构
Rgraphviz 李长 为R图对象提供绘图功能
rHVDM 马蒂诺Barenco 隐变量动态建模
林格 j . Toedling 芯片-芯片寡聚阵列的研究
Rintact 托尼蒋介石 与EBI完整蛋白质相互作用数据库的接口
RLMM Nusrat Rabbee 非对称SNP阵列的基因型调用算法
RMAGEML 史蒂芬Durinck 处理MAGEML文档
RNAither 诺拉Rieber 高通量RNAi筛选的统计分析
中华民国 文斯凯里 ROC的实用程序,以uarray为焦点
RpsiXML 张季涛 R接口到PSI-MI 2.5文件
Rredland VJ凯里 redland RDF实用程序的接口
rsbml 迈克尔•劳伦斯 R对SBML的支持,使用libsbml
RSNPper VJ凯里 到chip.org::SNPper的接口,以获取snp相关数据
rtracklayer 迈克尔•劳伦斯 R接口到基因组浏览器及其注释跟踪
Rtreemix 嘉斯米娜Bogojeska Rtreemix:突变树混合模型。
Ruuid Biocore Team c/o BioC用户列表 Ruuid:提供唯一的ID值
RWebServices 马丁•摩根 通过Java/Axis/Apache将R函数公开为web服务
安全 威廉·t·巴里 功能与表达的显著性分析
SAGElyzer Jianhua张 处理SAGE库的包
sagenhaft 蒂姆Beissbarth 用于读取和比较SAGE库的函数集合
SAGx 每Broberg 基因芯片的统计分析
SBMLR 托马斯Radivoyevitch SBML-R接口和分析工具
ScISI 托尼蒋介石 在硅交互组
seqLogo 奥利弗Bembom DNA序列比对的序列标识
ShortRead Biocore Team c/o BioC用户列表 用于高通量短读测序数据的基类和方法。
siggenes Holger Schwender 使用SAM和Efron的经验贝叶斯方法进行多重测试
sigPathway Weil赖 路径分析
SIM卡 Maarten van Iterson 基因表达与copynumber数据的综合分析
simpleaffy Crispin米勒 非常简单的Affymetrix数据的高级分析
simulatorAPMS 托尼蒋介石 对AP-MS技术进行了计算模拟。
sizepower Weiliang邱 微阵列研究中的样本容量和功率计算
SLGI Nolwenn Le Meur 合成致命基因相互作用
SLqPCR 马蒂亚斯•科尔 SIRS-Lab GmbH的实时定量PCR数据分析功能
SMAP 罗宾·安德森 数组- cgh拷贝数分析的分段极大值后验方法
snapCGH 托马斯Hardcastle aCGH数据的分割、归一化和处理。
SNPchip 罗伯特Scharpf 用于高吞吐量SNP芯片数据的类和方法
snpMatrix 大卫·克莱顿 苏格兰民族党。matrix和X.snp.matrix类
spikeLI 恩里科Carlon Affymetrix刺入Langmuir等温线数据分析工具
splicegear Laurent Gautier splicegear
splots 奥列格Sklyar 在微量滴定板或室载玻片格式的高通量分析的可视化
spotSegmentation 克里斯Fraley 微阵列光斑块的分割与网格化
sscore 理查德•肯尼迪 Affymetrix寡核苷酸微阵列的S-Score算法
ssize 格雷戈里·r·沃恩斯 估计微阵列样本量
斯塔姆 克劳迪奥·Lottaz 微阵列数据的结构化分析
stepNorm 肖渊源 cDNA芯片的逐步归一化函数
tilingArray w·休伯 高密度寡核苷酸平铺阵列分析
timecourse 御川台 发育微阵列时间过程数据的统计分析
tkWidgets j .张 基于R的tk小部件
topGO Adrian Alexa topGO:基因本体的富集分析
《暮光之城》 斯蒂芬妮Scheid 估计局部错误发现率
TypeInfo 邓肯庙朗 可选类型规格
VanillaICE 罗伯特Scharpf SNP芯片数据的隐马尔可夫模型拟合方法
vbmp 尼古拉喇嘛 变分贝叶斯多项式概率回归
vsn 沃尔夫冈•休伯 微阵列数据方差稳定与校正
韦弗 赛斯猎鹰 用于处理Sweave文档的工具和扩展
webbioc 科林·a·史密斯 Bioconductor Web界面
widgetInvoke 杰夫绅士 函数的计算小部件
widgetTools Jianhua张 创建一个交互式tcltk小部件
xcms 科林·a·史密斯 LC/MS和GC/MS数据分析
XDE 罗伯特Scharpf XDE:用于差异基因表达交叉研究分析的贝叶斯层次模型
xmapbridge 蒂姆·耶茨 将绘图文件导出到xmapBridge,以便在X:Map中进行可视化
xps 基督教Stratowa 非对称寡核苷酸阵列包括外显子阵列,全基因组阵列和平板阵列的处理和分析
yaqcaffy 劳伦特与 Affymetrix表达数据质量控制及再现性分析