在一个典型的微阵列设置中,在两种条件下观察到基因表达数据,局部错误发现率描述了给定相应的观察得分或p值水平的基因在两种条件下没有差异表达的概率。p值与局部错误发现率的结果曲线提供了清晰的差异和明确的非差异基因表达之间的模糊地带的见解。包'twilight'包含两个主要函数:Pval对给定输入矩阵或表达式集的均值差异执行两条件测试,并基于p值计算排列。函数黄昏执行随机下坡搜索,以估计局部错误发现率和效应大小分布。该包进一步提供了过滤正确描述空分布的排列的方法。使用过滤排列,隐藏的混杂因素的影响可以减少。
作者 | 斯蒂芬妮Scheid |
维护人员 | 斯蒂芬妮Scheid |
要安装这个包,启动R并输入:
源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(《暮光之城》)
小插曲(文档) |
包下载 |
|||||||||
|
|
biocViews | |
---|---|
取决于 | R,样条,统计,生物基础 |
建议 | golubEsets, vsn |
进口 | |
SystemRequirements | |
许可证 | GPL 2.0或更新版本 |
URL | http://compdiag.molgen.mpg.de/software/twilight.shtml |
dependsOnMe | OrderedList |
suggestsMe |