topGO

topGO:基因本体的富集分析

topGO包提供了测试GO术语的工具,同时考虑GO图的拓扑结构。可以实现和应用不同的测试统计数据和消除GO术语之间的局部相似性和依赖性的不同方法。

作者 Adrian Alexa, Jorg Rahnenfuhrer
维护人员 Adrian Alexa

要安装这个包,启动R并输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“topGO”)

小插曲(文档)

包下载

topGO.pdf
topGO_1.8.1.tar.gz
Windows二进制 topGO_1.8.1.zip
OS X二进制文件 topGO_1.8.1.tgz

细节

biocViews
取决于 R,方法,图形,Biobase, GO.db, AnnotationDbi, SparseM
建议 所有,hgu95av2.db, genfilter, xtable, multtest, Rgraphviz, hgu133a.db
进口 方法,图形,Biobase, SparseM, AnnotationDbi
SystemRequirements
许可证 LGPL
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