| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| ACME | 肖恩·戴维斯 | 计算微阵列富集(ACME)算法 |
| adSplit | 克劳迪奥·Lottaz | 注解驱动的集群 |
| AffyExpress | 李学军 | Affymetrix质量评估和分析工具 |
| affylmGUI | 基斯Satterley | 使用limma包进行affy分析的GUI |
| BAC | 拉斐尔Gottardo | 芯片实验的贝叶斯分析 |
| BCRANK | 亚当Ameur | 从排序的DNA序列预测结合位点一致性 |
| bgafun | 伊恩•华莱士 | 一种鉴定蛋白质家族残基的方法 |
| BGmix | 亚历克斯·列文 | 差异基因表达的贝叶斯模型 |
| bgx | 欧内斯特Turro | 贝叶斯基因表达 |
| Biobase | Biocore Team c/o BioC用户列表 | Biobase: Bioconductor的基函数 |
| BiocCaseStudies | Biocore Team c/o BioC用户列表 | bioccasionally Studies:支持案例研究专著 |
| bioDist | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 不同的距离测量 |
| Biostrings | h .页面 | 表示生物序列的字符串对象，以及匹配算法 |
| 桥 | 拉斐尔Gottardo | 差异基因表达的贝叶斯鲁棒推理 |
| 类别 | 罗伯特先生 | 类别分析 |
| clusterStab | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 计算微阵列数据的集群稳定性分数 |
| CoCiteStats | r .绅士 | 基于共引的不同测试统计。 |
| 国王杯 | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 执行癌症异常值分析的功能。 |
| CORREP | Dongxiao朱 | 多元相关估计和统计推断程序。 |
| 科兹摩 | 奥利弗Bembom | DNA序列中保守基序的监督检测 |
| cosmoGUI | 奥利弗Bembom | 用于构造cosmo包使用的约束集的GUI |
| ctc | 安东尼·卢卡斯 | 集群和树转换。 |
| daMA | Jobst Landgrebe | 阶乘双色微阵列数据的高效设计与分析 |
| DEDS | 肖渊源 | 微阵列数据的距离汇总差分表达式 |
| diffGeneAnalysis | Choudary Jagarlamudi | 执行差异基因表达分析 |
| edd | 文斯凯里 | 表达密度诊断 |
| exonmap | Crispin米勒 | Affymetrix外显子阵列数据的高水平分析 |
| factDesign | 丹尼斯Scholtens | 析因设计微阵列实验分析 |
| fdrame | 有效率切尼克斯贝格 | 微阵列实验FDR调整(FDR- ame) |
| flowClust | 拉斐尔Gottardo | 流式细胞术的聚类 |
| gaga | 大卫Rossell | 用于微阵列数据分析的GaGa层次模型 |
| genefilter | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 基因过滤器:从微阵列实验中过滤基因的方法 |
| GeneMeta | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 高通量实验的元分析 |
| geneRecommender | 格雷格已经 | 一种基因推荐算法，用于识别与查询集基因共表达的基因 |
| GeneSelector | 马丁Slawski | GeneSelector |
| GGBase | 文斯凯里 | 基因表达遗传学基础设施(c) 2008 VJ Carey |
| GGtools | 文斯凯里 | 基因基因组学软件和数据(c) 2006 VJ Carey |
| GlobalAncova | r·迈斯特 | 计算组间差异基因表达的全局测试 |
| globaltest | Jelle Goeman | 检测具有临床变量的基因组的关联 |
| GOstats | 罗伯特先生 | 用于操作GO和微阵列的工具。 |
| gpl | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 广义偏最小二乘分类 |
| GraphAT | 托马斯LaFramboise | 图论关联测验 |
| GSEABase | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 基因集富集数据结构与方法 |
| GSEAlm | 艾瑟夫巴德或者 | 基因集富集分析的线性模型工具集 |
| 哼哼 | HyungJun曹 | 多条件下差异表达基因鉴别的异构误差模型 |
| hopach | 凯瑟琳·s·波拉德 | 分层有序分区和折叠混合(HOPACH) |
| Icens | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 删减和截断数据的NPMLE |
| 嫁祸于 | Balasubramanian纳史木汗 | impute:微阵列数据的impute |
| lapmix | Yann Ruffieux | 微阵列实验中的拉普拉斯混合模型 |
| LBE | 西里尔Dalmasso | 错误发现率的估计。 |
| limma | 戈登•史密斯 | 微阵列数据的线性模型 |
| limmaGUI | 基斯Satterley | 用于limma包的GUI |
| LMGene | 约翰·蒂 | 用于基因表达阵列中差异表达基因的数据转换和鉴定的LMGene软件 |
| logicFS | Holger Schwender | SNP相互作用的鉴定 |
| 简述 | Nitin耆那教徒的 | 微阵列数据的局部合并误差分析方法 |
| maanova | Hyuna杨 | 分析微阵列实验的工具 |
| macat | Joern Toedling | 微阵列染色体分析工具 |
| made4 | Aedin Culhane | 利用ADE4对微阵列数据进行多元分析 |
| maigesPack | Gustavo H. Esteves | 处理cDNA微阵列数据的功能，包括数据分析的几种方法 |
| MantelCorr | 布莱恩Steinmeyer | 计算壁炉架集群相关性 |
| maSigPro | 安娜Conesa | 时间过程微阵列数据中基因表达谱的显著差异 |
| MeasurementError.cor | 坞城叮 | 相关系数的测量误差模型估计 |
| MergeMaid | 于宁波钟 | 合并女仆 |
| metaArray | 遭受崔 | 集成微阵列数据进行元分析 |
| Mfuzz | 马提亚Futschik | 时间序列基因表达数据的软聚类 |
| MiPP | Sukwoo金 | 错误分类惩罚后验分类 |
| MLInterfaces | 诉凯利 | 生物导体容器中数据的R机器学习过程的统一接口 |
| 乘 | 凯瑟琳·s·波拉德 | 基于重采样的多重假设检验 |
| nem | Florian Markowetz | 嵌套效应模型来重建表型层次结构 |
| 推动 | n .院长 | 正态均匀差分基因表达检测 |
| occugene | 奥利弗将 | 多项式占用分布函数 |
| OCplus | 亚历山大plone ( | 微阵列实验的操作特性、样本量和局部fdr |
| oneChannelGUI | Raffaele A Calogero | 这个包扩展了affylmGUI图形界面的功能。Affymetrix 3’IVT，基因外显子阵列实际与Illumina、GEO矩阵系列文件和制表符分隔文件一起实现。 |
| OrderedList | 克劳迪奥·Lottaz | 有序基因表的相似性 |
| OutlierD | Sukwoo金 | 在高通量数据的M-A散点图上使用分位数回归进行离群值检测 |
| pamr | Rob Tibshirani | 微阵列预测分析 |
| pcaMethods | Wolfram Stacklies | PCA方法的集合。 |
| pcot2 | 莎拉的歌 | 主坐标和霍特林t平方法 |
| pdmclass | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 基于惩罚判别法的微阵列样品分类 |
| pickgene | Brian S. Yandell | 微阵列表达数据分析的自适应基因选择 |
| plgem | 马狄亚 | 幂律全局误差模型 |
| plw | 马格努斯搁浅地 | 局部调节加权t检验。 |
| 彪马 | 理查德·皮尔森 | 微阵列分析中的传播不确定性 |
| qvalue | 约翰·d·斯托里 | 错误发现率控制的q值估计 |
| RankProd | Fangxin香港 | 鉴别差异表达基因的秩积法及其在元分析中的应用 |
| rbsurv | Sukwoo金 | 基于微阵列数据的稳健可能性生存建模 |
| rflowcyt | n LeMeur | 流式细胞分析的统计工具和数据结构 |
| rHVDM | 马蒂诺Barenco | 隐变量动态建模 |
| 中华民国 | 文斯凯里 | ROC的实用程序，以uarray为焦点 |
| Rtreemix | 嘉斯米娜Bogojeska | Rtreemix:突变树混合模型。 |
| SAGx | 每Broberg | 基因芯片的统计分析 |
| seqLogo | 奥利弗Bembom | DNA序列比对的序列标识 |
| siggenes | Holger Schwender | 使用SAM和Efron的经验贝叶斯方法进行多重测试 |
| sigPathway | Weil赖 | 路径分析 |
| simpleaffy | Crispin米勒 | 非常简单的Affymetrix数据的高级分析 |
| sizepower | Weiliang邱 | 微阵列研究中的样本容量和功率计算 |
| SLqPCR | 马蒂亚斯•科尔 | SIRS-Lab GmbH的实时定量PCR数据分析功能 |
| sscore | 理查德•肯尼迪 | Affymetrix寡核苷酸微阵列的S-Score算法 |
| ssize | 格雷戈里·r·沃恩斯 | 估计微阵列样本量 |
| 斯塔姆 | 克劳迪奥·Lottaz | 微阵列数据的结构化分析 |
| timecourse | 御川台 | 发育微阵列时间过程数据的统计分析 |
| topGO | Adrian Alexa | topGO:基因本体的富集分析 |
| 《暮光之城》 | 斯蒂芬妮Scheid | 估计局部错误发现率 |
| VanillaICE | 罗伯特Scharpf | SNP芯片数据的隐马尔可夫模型拟合方法 |
| vbmp | 尼古拉喇嘛 | 变分贝叶斯多项式概率回归 |
| webbioc | 科林·a·史密斯 | Bioconductor Web界面 |
| XDE | 罗伯特Scharpf | XDE:用于差异基因表达交叉研究分析的贝叶斯层次模型 |