| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| ABarray | 孙永明 | 应用生物系统基因组调查微阵列(AB1700)基因表达数据的微阵列QA和统计数据分析。 |
| aCGH | 简Fridlyand | 阵列比较基因组杂交数据的类和函数。 |
| ACME | 肖恩·戴维斯 | 计算微阵列富集(ACME)算法 |
| adSplit | 克劳迪奥·Lottaz | 注解驱动的集群 |
| affxparser | 卡斯珀·丹尼尔·汉森 | Affymetrix文件解析SDK |
| affy | 拉斐尔·a·伊瑞扎里 | Affymetrix寡核苷酸阵列方法 |
| affycomp | 拉斐尔·a·伊瑞扎里 | 非词形表达度量评估的图形工具箱 |
| AffyCompatible | 马丁•摩根 | Affymetrix基因芯片软件兼容性 |
| affycoretools | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 对使用Affymetrix基因芯片进行重复分析有用的函数。 |
| AffyExpress | 李学军 | Affymetrix质量评估和分析工具 |
| affyio | 本杰明·米洛·博尔斯塔德 | 用于解析Affymetrix数据文件的工具 |
| affylmGUI | 基斯Satterley | 使用limma包进行affy分析的GUI |
| affyPara | 马库斯Schmidberger | Affymetrix寡核苷酸阵列的并行预处理方法 |
| affypdnn | Laurent Gautier | 探测affy包的依赖近邻(PDNN) |
| affyPLM | 本Bolstad | 探针级模型的拟合方法 |
| affyQCReport | 克雷格Parman | 为affyBatch对象生成QC报告 |
| altcdfenvs | Laurent Gautier | 备选CDF环境(又名映射) |
| annaffy | 科林·a·史密斯 | Affymetrix生物元数据的注释工具 |
| AnnBuilder | j .张 | Bioconductor注释数据包构建器 |
| 注释 | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 微阵列注释 |
| AnnotationDbi | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 标注数据库接口 |
| annotationTools | 亚历山大·库恩 | 注释微阵列和执行跨物种基因表达分析使用平面文件数据库。 |
| apComplex | 丹尼斯Scholtens | 利用AP-MS蛋白质数据估计蛋白质复合体的隶属度 |
| aroma.light | 亨利克·本特松 | 仅使用基本R数据类型的微阵列数据规范化和可视化的轻量级方法 |
| arrayQuality | 艾格尼丝Paquet | 评估点状阵列上的阵列质量 |
| arrayQualityMetrics | 奥黛丽考夫曼 | 微阵列数据集的质量度量 |
| BAC | 拉斐尔Gottardo | 芯片实验的贝叶斯分析 |
| BCRANK | 亚当Ameur | 从排序的DNA序列预测结合位点一致性 |
| beadarray | 马克·邓宁 | Illumina BeadArray数据的质量评估和底层分析 |
| beadarraySNP | 1月东 | Illumina SNP珠阵列的规范化和报告 |
| bgafun | 伊恩•华莱士 | 一种鉴定蛋白质家族残基的方法 |
| BGmix | 亚历克斯·列文 | 差异基因表达的贝叶斯模型 |
| bgx | 欧内斯特Turro | 贝叶斯基因表达 |
| Biobase | Biocore Team c/o BioC用户列表 | Biobase: Bioconductor的基函数 |
| BiocCaseStudies | Biocore Team c/o BioC用户列表 | bioccasionally Studies:支持案例研究专著 |
| biocGraph | 李长 | 生物信息学中的图表示例和用例 |
| biocViews | Biocore Team c/o BioC用户列表 | R包存储库的分类视图 |
| bioDist | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 不同的距离测量 |
| biomaRt | 史蒂芬Durinck | 与BioMart数据库(例如ensemble bl, Wormbase和Gramene)的接口 |
| BioMVCClass | 伊丽莎白·惠伦 | 模型-视图-控制器(MVC)类使用Biobase |
| Biostrings | h .页面 | 表示生物序列的字符串对象，以及匹配算法 |
| 桥 | 拉斐尔Gottardo | 差异基因表达的贝叶斯鲁棒推理 |
| BSgenome | h .页面 | 基于生物链的基因组数据包的基础设施 |
| BufferedMatrix | 本杰明·米洛·博尔斯塔德 | 在临时文件中保存的矩阵数据存储对象 |
| BufferedMatrixMethods | B. M.博尔斯塔德 | 使用BufferedMatrix对象的Microarray数据相关方法 |
| CALIB | 回族赵 | 从微阵列数据估计绝对表达水平的校准模型 |
| 类别 | 罗伯特先生 | 类别分析 |
| cellHTS | Ligia胸罩 | 细胞筛选分析 |
| cellHTS2 | 格雷戈勒加索尔 | 细胞筛选的分析。cellHTS的修订版 |
| CGHcall | 会发生Vosse | 调用阵列CGH肿瘤剖面畸变。 |
| cghMCR | j .张 | 找到显示共同增益/损失的染色体区域 |
| clusterStab | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 计算微阵列数据的集群稳定性分数 |
| CoCiteStats | r .绅士 | 基于共引的不同测试统计。 |
| codelink | 迭戈Diez | Codelink生物阵列数据的操作。 |
| 转换 | 杨怡华(Jean) | 转换微阵列数据对象 |
| 国王杯 | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 执行癌症异常值分析的功能。 |
| CORREP | Dongxiao朱 | 多元相关估计和统计推断程序。 |
| 科兹摩 | 奥利弗Bembom | DNA序列中保守基序的监督检测 |
| cosmoGUI | 奥利弗Bembom | 用于构造cosmo包使用的约束集的GUI |
| ctc | 安东尼·卢卡斯 | 集群和树转换。 |
| daMA | Jobst Landgrebe | 阶乘双色微阵列数据的高效设计与分析 |
| DEDS | 肖渊源 | 微阵列数据的距离汇总差分表达式 |
| diffGeneAnalysis | Choudary Jagarlamudi | 执行差异基因表达分析 |
| DNAcopy | Venkatraman E. Seshan | DNA拷贝数数据分析 |
| DynDoc | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 动态文档工具 |
| EBarrays | 明元 | 同时进行基因聚类和差异表达识别的统一方法 |
| EBImage | 奥列格Sklyar | 图像处理和图像分析工具包R |
| ecolitk | 劳伦特 | 大肠杆菌的元数据和工具 |
| edd | 文斯凯里 | 表达密度诊断 |
| exonmap | Crispin米勒 | Affymetrix外显子阵列数据的高水平分析 |
| explorase | 迈克尔•劳伦斯 | 用于系统生物学数据的探索性数据分析的GUI |
| externalVector | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 带有外部存储的R的向量对象 |
| factDesign | 丹尼斯Scholtens | 析因设计微阵列实验分析 |
| fbat | Weiliang邱 | 基因数据的基于家族的关联测试。 |
| fdrame | 有效率切尼克斯贝格 | 微阵列实验FDR调整(FDR- ame) |
| flowClust | 拉斐尔Gottardo | 流式细胞术的聚类 |
| flowCore | Nolwenn Le Meur | flowCore:流式细胞仪数据的基本结构 |
| flowQ | 勒默尔 | 流式细胞仪的质量控制 |
| flowUtils | Florian Hahne | 流式细胞仪实用程序 |
| flowViz | Florian Hahne | 流式细胞术可视化 |
| gaga | 大卫Rossell | 用于微阵列数据分析的GaGa层次模型 |
| 群 | 丹特南鲍姆 | 在R和Java生物信息学程序之间广播数据 |
| gcrma | z吴 | 利用序列信息进行背景调整 |
| genArise | 国际金融公司发展小组 | 微阵列分析工具 |
| genefilter | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 基因过滤器:从微阵列实验中过滤基因的方法 |
| GeneMeta | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 高通量实验的元分析 |
| geneplotter | Biocore Team c/o BioC用户列表 | Bioconductor的图形相关功能 |
| 总的来说 | y d 'Aubenton-Carafa | R代表基因和序列分析 |
| geneRecommender | 格雷格已经 | 一种基因推荐算法，用于识别与查询集基因共表达的基因 |
| GeneRfold | 安东尼·卢卡斯 | R为基因和序列，使用viennaRNA包(折叠) |
| GeneSelector | 马丁Slawski | GeneSelector |
| GeneSpring | Thon de Boer | genspring R集成函数 |
| GeneticsBase | 格雷戈里警告 | 处理遗传数据的类和函数 |
| GeneticsDesign | 格雷戈里警告 | 设计遗传学研究的功能 |
| GeneticsPed | 格雷戈尔Gorjanc | 谱系和遗传关系功能 |
| GeneTraffic | 丹尼尔Iordan | GeneTraffic R集成功能 |
| GenomeGraphs | 史蒂芬Durinck | 绘制ensemble的基因组信息 |
| GEOmetadb | 杰克朱 | 来自NCBI GEO的元数据汇编 |
| GEOquery | 肖恩·戴维斯 | 从NCBI基因表达Omnibus (GEO)获取数据 |
| GGBase | 文斯凯里 | 基因表达遗传学基础设施(c) 2008 VJ Carey |
| GGtools | 文斯凯里 | 基因基因组学软件和数据(c) 2006 VJ Carey |
| 很高兴 | 菲利普Hupe | DNA得失分析 |
| GlobalAncova | r·迈斯特 | 计算组间差异基因表达的全局测试 |
| globaltest | Jelle Goeman | 检测具有临床变量的基因组的关联 |
| goProfiles | 亚历克斯·桑切斯 | goProfiles:一个用于功能配置文件统计分析的R包 |
| GOstats | 罗伯特先生 | 用于操作GO和微阵列的工具。 |
| goTools | 艾格尼丝Paquet | 基因本体数据库功能 |
| gpl | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 广义偏最小二乘分类 |
| 图 | 罗伯特先生 | graph:处理图数据结构的包 |
| GraphAlignment | 约翰·p·迈耶 | GraphAlignment |
| GraphAT | 托马斯LaFramboise | 图论关联测验 |
| GSEABase | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 基因集富集数据结构与方法 |
| GSEAlm | 艾瑟夫巴德或者 | 基因集富集分析的线性模型工具集 |
| Harshlight | 莫里吉奥Pellegrino | 一种微阵列芯片的“校正化妆”程序 |
| Heatplus | 亚历山大plone ( | 显示协变量和着色集群的热图 |
| 哼哼 | HyungJun曹 | 多条件下差异表达基因鉴别的异构误差模型 |
| hexbin | 尼古拉斯Lewin-Koh | 六边形装箱例程 |
| hopach | 凯瑟琳·s·波拉德 | 分层有序分区和折叠混合(HOPACH) |
| 超图 | 罗伯特先生 | 提供超图数据结构的包 |
| Icens | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 删减和截断数据的NPMLE |
| 染色体组型 | 卡尔·j·戴科玛 | 染色体组型 |
| 嫁祸于 | Balasubramanian纳史木汗 | impute:微阵列数据的impute |
| keggorth | VJ凯里 | 图形支持KO, KEGG Orthology |
| KEGGSOAP | 罗伯特先生 | 客户端SOAP访问KEGG |
| lapmix | Yann Ruffieux | 微阵列实验中的拉普拉斯混合模型 |
| LBE | 西里尔Dalmasso | 错误发现率的估计。 |
| limma | 戈登•史密斯 | 微阵列数据的线性模型 |
| limmaGUI | 基斯Satterley | 用于limma包的GUI |
| LMGene | 约翰·蒂 | 用于基因表达阵列中差异表达基因的数据转换和鉴定的LMGene软件 |
| logicFS | Holger Schwender | SNP相互作用的鉴定 |
| 简述 | Nitin耆那教徒的 | 微阵列数据的局部合并误差分析方法 |
| 光民 | 杜潘 | Illumina微阵列的BeadArray特定方法 |
| maanova | Hyuna杨 | 分析微阵列实验的工具 |
| macat | Joern Toedling | 微阵列染色体分析工具 |
| maCorrPlot | 亚历山大plone ( | 可视化微阵列数据中的人工相关性 |
| 时间的 | 约翰内斯Rainer | 微阵列数据库和微阵列数据分析的实用功能。 |
| made4 | Aedin Culhane | 利用ADE4对微阵列数据进行多元分析 |
| maigesPack | Gustavo H. Esteves | 处理cDNA微阵列数据的功能，包括数据分析的几种方法 |
| makecdfenv | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | CDF环境生成器 |
| makePlatformDesign | Benilton卡瓦略 | 平台设计包 |
| 庄园 | 皮埃尔Neuvial | CGH微阵列归一化 |
| MantelCorr | 布莱恩Steinmeyer | 计算壁炉架集群相关性 |
| marray | 杨怡华(Jean) | 双色斑点微阵列数据的探索性分析 |
| maSigPro | 安娜Conesa | 时间过程微阵列数据中基因表达谱的显著差异 |
| MassSpecWavelet | 杜潘 | 基于小波算法的质谱处理 |
| matchprobes | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 利用寡核苷酸微阵列报告序列信息进行预处理和质量评估的基本基础设施 |
| mdqc | 加芙Cohen-Freue | 微阵列的马氏距离质量控制 |
| MeasurementError.cor | 坞城叮 | 相关系数的测量误差模型估计 |
| MergeMaid | 于宁波钟 | 合并女仆 |
| metaArray | 遭受崔 | 集成微阵列数据进行元分析 |
| Mfuzz | 马提亚Futschik | 时间序列基因表达数据的软聚类 |
| MiPP | Sukwoo金 | 错误分类惩罚后验分类 |
| MLInterfaces | 诉凯利 | 生物导体容器中数据的R机器学习过程的统一接口 |
| 乘 | 凯瑟琳·s·波拉德 | 基于重采样的多重假设检验 |
| MVCClass | 伊丽莎白·惠伦 | 模型-视图-控制器(MVC)类 |
| nem | Florian Markowetz | 嵌套效应模型来重建表型层次结构 |
| nnNorm | 阿迪·劳伦提乌·塔尔卡 | 基于鲁棒神经网络的cDNA微阵列数据的空间和强度归一化 |
| 推动 | n .院长 | 正态均匀差分基因表达检测 |
| occugene | 奥利弗将 | 多项式占用分布函数 |
| OCplus | 亚历山大plone ( | 微阵列实验的操作特性、样本量和局部fdr |
| 益生元 | Benilton卡瓦略 | 寡核苷酸阵列 |
| oligoClasses | Benilton卡瓦略 | 用于高吞吐量SNP阵列的类 |
| 奥林 | 马提亚Futschik | 优化的局部强度相关的双色微阵列归一化 |
| OLINgui | 马提亚Futschik | OLIN的图形用户界面 |
| oneChannelGUI | Raffaele A Calogero | 这个包扩展了affylmGUI图形界面的功能。Affymetrix 3’IVT，基因外显子阵列实际与Illumina、GEO矩阵系列文件和制表符分隔文件一起实现。 |
| ontoTools | 文斯凯里 | 用于使用本体的图和稀疏矩阵;具有出处管理的命名的正式对象 |
| OrderedList | 克劳迪奥·Lottaz | 有序基因表的相似性 |
| OutlierD | Sukwoo金 | 在高通量数据的M-A散点图上使用分位数回归进行离群值检测 |
| pamr | Rob Tibshirani | 微阵列预测分析 |
| panp | 华伦 | 负链匹配探针集的存在-缺席调用 |
| pathRender | 李长 | 渲染分子路径 |
| pcaMethods | Wolfram Stacklies | PCA方法的集合。 |
| pcot2 | 莎拉的歌 | 主坐标和霍特林t平方法 |
| PCpheno | Nolwenn Le Meur | 表型和细胞组织单位 |
| pdInfoBuilder | Benilton卡瓦略 | 平台设计信息包构建器 |
| pdmclass | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 基于惩罚判别法的微阵列样品分类 |
| PGSEA | 卡尔Dykema | 参数基因集富集分析 |
| pgUtils | 约翰内斯Rainer | PostgreSQL数据库的实用函数 |
| pickgene | Brian S. Yandell | 微阵列表达数据分析的自适应基因选择 |
| pkgDepTools | 赛斯猎鹰 | 软件包依赖工具 |
| plgem | 马狄亚 | 幂律全局误差模型 |
| 钳子 | Crispin米勒 | 实现Affymetrix PLIER算法 |
| plw | 马格努斯搁浅地 | 局部调节加权t检验。 |
| ppiStats | 托尼蒋介石 | 蛋白质-蛋白质相互作用统计包 |
| 普拉达 | Florian Hahne | 基于细胞功能分析的数据分析 |
| preprocessCore | 本杰明·米洛·博尔斯塔德 | 预处理函数的集合 |
| 过程 | 小春就李 | Ciphergen SELDI-TOF处理 |
| 彪马 | 理查德·皮尔森 | 微阵列分析中的传播不确定性 |
| quantsmooth | 1月东 | 阵列数据的分位数平滑与基因组可视化 |
| qvalue | 约翰·d·斯托里 | 错误发现率控制的q值估计 |
| 罗摩 | 拉斐尔Gottardo | 微阵列的稳健分析 |
| RankProd | Fangxin香港 | 鉴别差异表达基因的秩积法及其在元分析中的应用 |
| RbcBook1 | 文斯凯里 | 支持施普林格Bioconductor专著 |
| RBGL | 李长 | BOOST图形库的接口 |
| RBioinf | 罗伯特先生 | RBioinf |
| rbsurv | Sukwoo金 | 基于微阵列数据的稳健可能性生存建模 |
| Rdbi | Jianhua张 | 通用数据库方法 |
| RdbiPgSQL | Jianhua张 | PostgreSQL访问 |
| Rdisop | 史蒂芬诺依曼 | 同位素模式的分解 |
| 犹太人的尊称 | 卡尔·j·戴科玛 | 区域表达偏差 |
| RefPlus | Kai-Ming常 | 外推策略(RMA+)和外推平均(RMA++)方法的函数集。 |
| Resourcerer | Jianhua张 | 从TIGR Resourcerer读取注释数据或将注释数据转换为Bioconductor数据包。 |
| rflowcyt | n LeMeur | 流式细胞分析的统计工具和数据结构 |
| Rgraphviz | 李长 | 为R图对象提供绘图功能 |
| rHVDM | 马蒂诺Barenco | 隐变量动态建模 |
| 林格 | j . Toedling | R NimbleGen寡聚阵列的研究 |
| Rintact | 托尼蒋介石 | 与EBI完整蛋白质相互作用数据库的接口 |
| RLMM | Nusrat Rabbee | 非对称SNP阵列的基因型调用算法 |
| RMAGEML | 史蒂芬Durinck | 处理MAGEML文档 |
| 中华民国 | 文斯凯里 | ROC的实用程序，以uarray为焦点 |
| Rredland | VJ凯里 | redland RDF实用程序的接口 |
| rsbml | 迈克尔•劳伦斯 | R对SBML的支持，使用libsbml |
| RSNPper | VJ凯里 | 到chip.org::SNPper的接口，以获取snp相关数据 |
| rtracklayer | 迈克尔•劳伦斯 | R接口到基因组浏览器及其注释跟踪 |
| Rtreemix | 嘉斯米娜Bogojeska | Rtreemix:突变树混合模型。 |
| Ruuid | Biocore Team c/o BioC用户列表 | Ruuid:提供唯一的ID值 |
| RWebServices | 马丁•摩根 | 通过Java/Axis/Apache将R函数公开为web服务 |
| 安全 | 威廉·t·巴里 | 功能与表达的显著性分析 |
| sagenhaft | 蒂姆Beissbarth | 用于读取和比较SAGE库的函数集合 |
| SAGx | 每Broberg | 基因芯片的统计分析 |
| SBMLR | 托马斯Radivoyevitch | SBML-R接口和分析工具 |
| ScISI | 托尼蒋介石 | 在硅交互组 |
| SemSim | 湘郭 | 基于基因本体的语义相似性度量 |
| seqLogo | 奥利弗Bembom | DNA序列比对的序列标识 |
| siggenes | Holger Schwender | 使用SAM和Efron的经验贝叶斯方法进行多重测试 |
| sigPathway | Weil赖 | 路径分析 |
| simpleaffy | Crispin米勒 | 非常简单的Affymetrix数据的高级分析 |
| simulatorAPMS | 托尼蒋介石 | 对AP-MS技术进行了计算模拟。 |
| sizepower | Weiliang邱 | 微阵列研究中的样本容量和功率计算 |
| SLGI | Nolwenn Le Meur | 合成致命基因相互作用 |
| SLqPCR | 马蒂亚斯•科尔 | SIRS-Lab GmbH的实时定量PCR数据分析功能 |
| SMAP | 罗宾·安德森 | 数组- cgh拷贝数分析的分段极大值后验方法 |
| snapCGH | 约翰Marioni | aCGH数据的分割、归一化和处理。 |
| SNPchip | 罗伯特Scharpf | 用于高吞吐量SNP芯片数据的类和方法 |
| snpMatrix | 大卫·克莱顿 | 苏格兰民族党。matrix和X.snp.matrix类 |
| spikeLI | 恩里科Carlon | Affymetrix刺入Langmuir等温线数据分析工具 |
| splicegear | Laurent Gautier | splicegear |
| splots | 奥列格Sklyar | 用于高通量屏幕的可视化例程 |
| spotSegmentation | 克里斯Fraley | 微阵列光斑块的分割与网格化 |
| sscore | 理查德•肯尼迪 | Affymetrix寡核苷酸微阵列的S-Score算法 |
| ssize | 格雷戈里·r·沃恩斯 | 估计微阵列样本量 |
| 斯塔姆 | 克劳迪奥·Lottaz | 微阵列数据的结构化分析 |
| stepNorm | 肖渊源 | cDNA芯片的逐步归一化函数 |
| tilingArray | w·休伯 | 高密度寡核苷酸平铺阵列分析 |
| timecourse | 御川台 | 发育微阵列时间过程数据的统计分析 |
| tkWidgets | j .张 | 基于R的tk小部件 |
| topGO | Adrian Alexa | topGO:基因本体的富集分析 |
| 《暮光之城》 | 斯蒂芬妮Scheid | 估计局部错误发现率 |
| TypeInfo | 邓肯庙朗 | 可选类型规格 |
| VanillaICE | 罗伯特Scharpf | SNP芯片数据的隐马尔可夫模型拟合方法 |
| vbmp | 尼古拉喇嘛 | 变分贝叶斯多项式概率回归 |
| vsn | 沃尔夫冈•休伯 | 微阵列数据方差稳定与校正 |
| 韦弗 | 赛斯猎鹰 | 用于处理Sweave文档的工具和扩展 |
| webbioc | 科林·a·史密斯 | Bioconductor Web界面 |
| widgetInvoke | 杰夫绅士 | 函数的计算小部件 |
| widgetTools | Jianhua张 | 创建一个交互式tcltk小部件 |
| xcms | 科林·a·史密斯 | LC/MS和GC/MS数据分析 |
| XDE | 罗伯特Scharpf | XDE:用于差异基因表达交叉研究分析的贝叶斯层次模型 |
| xps | 基督教Stratowa | 非对称寡核苷酸阵列包括外显子阵列和基因阵列的处理和分析方法 |
| yaqcaffy | 劳伦特与 | Affymetrix表达数据质量控制及再现性分析 |