要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“bsgenome . hsapiens . ucsc .hg19.mask”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked

此包适用于Bioconductor 2.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked

智人全掩模基因组序列(UCSC版本hg19)

Bioconductor版本:2.14

智人(人类)的完整基因组序列由UCSC提供(hg19, 2009年2月)并存储在Biostrings对象中。序列与BSgenome.Hsapiens.UCSC相同。hg19,除了它们每个上面都有以下4个掩码:(1)装配间隙掩码(AGAPS掩码),(2)contig内歧义掩码(AMB掩码),(3)RepeatMasker中的重复掩码(RM掩码),以及(4)Tandem repeats Finder中的重复掩码(TRF掩码)。默认情况下,只有AGAPS和AMB掩码是“活动的”。

作者:Bioconductor开发团队

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

引文(从R内,输入引用(“BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“bsgenome . hsapiens . ucsc .hg19.mask”)

文档

PDF 参考手册

细节

biocViews AnnotationDataBSgenome遗传学Homo_sapiens
版本 1.3.99
许可证 艺术- 2.0
取决于 BSgenome(> = 1.31.8),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
进口 BSgenomeBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我 BSgenomer3Cseq

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked_1.3.99.tar.gz
Windows二进制 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked_1.3.99.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked_1.3.99.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks) BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked_1.3.99.tgz
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked/
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