###从vignette源的vignettes/xcms/inst/doc/xcmsPreprocessRnw ' ################################################### ### 代码块1号:LibraryPreload ################################################### 库(乘)图书馆(xcms)图书馆(faahKO ) ################################################### ### 代码块2号:RawFiles ################################################### cdfpath < -系统。file("cdf"， package = "faahKO")文件(cdfpath,递归= TRUE ) ################################################### ### 代码块3号:PeakIdentification ################################################### 库(xcms) cdffiles < -列表。文件(cdfpath,递归= TRUE, full.names = TRUE) xset < - xcmsSet (cdffiles) # xset < - faahko xset ################################################### ### 代码块数量4:PeakMatching1 ################################################### xset < -集团(xset ) ################################################### ### 代码块5号:RTCorrection ################################################### xset2 < - retcor (xset、家庭=“对称”,plottype = " mdevden ") ################################################### ### 代码块6号:PeakMatching2 ################################################### xset2 < -集团(xset2 bw = 10 ) ################################################### ### 代码块7号:PeakFillIn ################################################### xset3 < - fillPeaks xset3 (xset2) ################################################### ### 代码块8号:AnalysisVisualize ################################################### reporttab < - diffreport (xset3“WT”、“柯”,“例子”,10日metlin = 0.15, h = 480 w = 640) reporttab [1:4 ,] ################################################### ### 代码块9号:URL1 ################################################### 猫(“\ \ {url”,as.character (reporttab [metlin 1。 "]), "}", 9月 = "") ################################################### ### 代码块10号:URL2 ################################################### 猫(“\ \ {url”,as.character (reporttab [metlin 3。 "]), "}", 9月 = "") ################################################### ### 代码块11号:PeakSelect ################################################### gt < -组(xset3) colnames (gt) groupidx1 <——(gt(,“rtm) > 2600 & gt(,“rtm) < 2700 & gt(,“npeaks”)= = 12)[1]groupidx2 <——(gt(,“rtm) > 3600 & gt(,“rtm) < 3700 & gt(,“npeaks”)= = 12)[1]eiccor < - getEIC (xset3 groupidx = c (groupidx1 groupidx2)) eicraw < getEIC (xset3 groupidx = c (groupidx1 groupidx2), rt = "生 ") ################################################### ### 代码块12号:EICRaw1 ################################################### 情节(eicraw xset3 groupidx = 1 ) ################################################### ### 代码块13号:EICRaw2 ################################################### 情节(eicraw xset3 groupidx = 2 ) ################################################### ### 代码块14号:EICCor1 ################################################### 情节(eiccor xset3 groupidx = 1 ) ################################################### ### 代码块数量15:EICCor2 ################################################### 情节(eiccor xset3 groupidx = 2 ) ################################################### ### 代码块数量16:警告 ################################################### 猫(“这些警告”)警告()