### R代码来自vignette源的vignettes/xcms/inst/doc/xcmsDirect。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:LoadLib ################################################### 库(xcms)库(MassSpecWavelet ) ################################################### ### 代码块2号:LoadData ################################################### 库(msdata) mzdatapath < -系统。File ("fticr"， package = "msdata") mzdatafiles <- list。文件(mzdatapath,递归= TRUE, full.names = TRUE)猫(“xcmsDirect.Rnw开始 ") ################################################### ### 代码块3号:ProcessData ################################################### 数据。Mean <- "data. "mean" xs <- xcmsSet(method="MSW"， files=mzdatafiles, scales=c(1,4,9)， nearbyPeak=T, verbose。columns = FALSE, winSize。噪音= 500,SNR.method = "数据。意思是“snthr = 10 ) ################################################### ### 代码块数量4:CreateExample ################################################### xs4 < - xcmsSet(方法=“垃圾”,文件= mzdatafiles[1],鳞片= c(1、4、9),nearbyPeak = T,冗长。columns = FALSE, winSize。噪声= 500，信噪比。方法= "data. "意味着“snthr = 10) masslist < - xs4@peaks [c(1、4、7)," mz "] xs4@peaks(,“mz”)< - xs4@peaks(,“mz”)+ 0.00001 * runif (1 0 - 0.4) * xs4@peaks,“mz”+ 0.0001 ################################################### ### 代码块5号:xcmsDirect。Rnw: 95 - 103 ################################################### xs4c < -校准(xs4 calibrants = masslist方法=“edgeshift mzabs = 0.0001, mzppm = 5,邻居= 3,plotres = TRUE ) ################################################### ### 代码块6号:MzClust ################################################### xsg < -集团(xs方法=“mzClust”)xsg ################################################### ### 代码块7号:ShowGroups ################################################### 组(xsg)[1:10]山峰(xsg) [groupidx (xsg) [[1 ]]] ################################################### ### 代码块8号:FillPeaks ################################################### groupval (xsg) [1] xsgf < - fillPeaks (xsg、方法=“垃圾”)groupval (xsgf、“medret”、“成”)[1:10 ,] ################################################### ### 代码块9号:AnalysisVisualize ################################################### reporttab < - diffreport (xsgf“ham4”、“ham5”、“例子”,eicmax = 4, h = 480 w = 640) reporttab [1:4,]