# #——style-knitr eval = TRUE,呼应= FALSE,结果=“黑名单”- - - - - - - - - - - - - - - - - - BiocStyle::乳胶()# # - - - - -设置,包括= FALSE,缓存= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(knitr)美元opts_chunk组(out.width =“0.7 \ \ maxwidth”, fig.align =“中心”)# #——class-loadlibs,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(messina)库(antiProfilesData)数据(apColonData) apColonData # #——class-prepdata - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - x = exprs (apColonData) y = pData (apColonData)亚型选取美元= y % % c(“正常”、“肿瘤”)x = x (sel) y = y (sel) # #——class-fit - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -健康。apColon =梅西纳(x, y = =“肿瘤”,min_sens = 0.95, min_spec = 0.85,种子= 1234,沉默= TRUE) # #——class-show - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -健康。apColon # #——class-plot - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -情节(健康。我= 1,apColon plot_type =“点”)# #——class-ranked-plots out.width =“0.4 \ \ maxwidth”,无花果。显示= "持有" - - - - - - - - - -情节(健康。apColon, i = c (1、2、10、50), plot_type =“点”)# #——de-outlier-example,回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(ggplot2) temp.x =代表(c(0, 1),每个= 6)set.seed (12345) temp.y = c (rnorm (0.5 6 4), rnorm (1, 4, 0.5), rnorm (5 9 0.5)) temp.data = data.frame (x = 1, y = temp.y:长度(temp.y)、组(ifelse (temp =因素。x,“癌症”,“正常”ggplot(临时)))。数据,aes (x = x, y = y,填补=集团))+ geom_bar(统计=“身份”)+ ggtitle(“离群值表达式的例子”)+ xlab(“样本”)+ ylab(“表达样本”)+ (axis.text主题。x = element_blank (), axis.ticks。x = element_blank (), axis.text。y = element_blank ()) # #——surv-load - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(messina)库(生存)的数据(tcga_kirc_example) # #数据存在一个矩阵表达式的值,和Surv对象的# # *暗(kirc.exprs) kirc生存。surv # #——surv-fit - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -健康。surv = messinaSurv (kirc。exprs kirc。surv obj_func =“τobj_min = 0.6, = TRUE)适合并行= FALSE,沉默。surv # #——surv-plot - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -情节(健康。surv bootstrap_type =“词”)# #——sessionInfo, eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()