### R代码来自vignette源的vignettes/cycle/inst/doc/cycle。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:周期。Rnw: ################################################### 库(周期 ) ################################################### ### 代码块2号:周期。Rnw: 43-44 ################################################### set.seed (1 ) ################################################### ### 代码块3号:周期。Rnw: 53-55 ################################################### 数据(酵母)酵母(1:200 < -酵母 ,] ################################################### ### 代码块数量4:周期。Rnw: 63 - 64 ################################################### 酵母< -过滤器。NA(酵母、刺= 0.25 ) ################################################### ### 代码块5号:周期。Rnw: 73 - 74 ################################################### 酵母< - fill.NA(酵母、模式= "的意思 ") ################################################### ### 代码块6号:周期。Rnw: 85 - 86 ################################################### <——标准化(酵母酵母 ) ################################################### ### 代码块7号:周期。Rnw: 100 - 105 ################################################### 汽车。Corr <- 0 for (i in 2:dim(exprs(酵母))[[2]]){自动。corr[我]< -软木(exprs(酵母),张,exprs(酵母)[我])}汽车。相关系数 ################################################### ### 代码块8号:周期。Rnw: 125 - 126 ################################################### T.yeast < - 85 ################################################### ### 代码块9号:周期。Rnw: 132 - 134 ################################################### 次了。酵母<- pData(酵母)$time次数。酵母 ################################################### ### 代码块10号:周期。Rnw:145-146 ################################################### NN <- 100 ################################################### ### code chunk number 11: cycle.Rnw:155-156 ################################################### fdr.rr <- fdrfourier(eset=yeast,T=T.yeast,times=times.yeast,background.model="rr",N=NN,progress=FALSE) ################################################### ### code chunk number 12: cycle.Rnw:165-166 ################################################### fdr.ar1 <- fdrfourier(eset=yeast,T=T.yeast,times=times.yeast,background.model="ar1",N=NN,progress=FALSE) ################################################### ### code chunk number 13: cycle.Rnw:178-180 ################################################### sum(fdr.rr$fdr < 0.25) sum(fdr.ar1$fdr < 0.25) ################################################### ### code chunk number 14: cycle.Rnw:186-187 ################################################### fdr.ar1$fdr[which(fdr.ar1$fdr < 0.25)]