### R代码来自小片段源'vignettes/CRISPRseek/inst/doc/CRISPRseek。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:风格 ################################################### BiocStyle:乳胶 () ################################################### ### 代码块2号:CRISPRseek。Rnw: 121 - 127 ################################################### 库(CRISPRseek)库(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)图书馆(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene) outputDir < getwd () inputFilePath < -系统。文件(“extdata”、“inputseq。<- system. fa'， package = 'CRISPRseek')文件(“extdata”、“NEBenzymes。fa CRISPRseek,包= ') ################################################### ### 代码块3号:CRISPRseek。Rnw:154-160 ################################################### offTargetAnalysis(inputFilePath, findgRNAsWithREcutOnly = TRUE, REpatternFile = REpatternFile, findPairedgRNAOnly = TRUE, BSgenomeName = Hsapiens, chromToSearch ="chrX"， min.gap = 0, max. net)gap = 20, txdb = txdb . hsapiens . ucsc .hg19。knownGene,马克斯。不匹配= 0,overlap.gRNA.positions = c(17、18),outputDir = outputDir覆盖= TRUE ) ################################################### ### 代码块数量4:CRISPRseek。Rnw:173-178 ################################################### offTargetAnalysis(inputFilePath, findgRNAsWithREcutOnly = FALSE, REpatternFile = REpatternFile,findPairedgRNAOnly = TRUE, BSgenomeName = Hsapiens, chromToSearch = "chrX"， txdb = txdb .Hsapiens. ucsc .hg19.;)knownGene,马克斯。不匹配= 1,outputDir = outputDir覆盖= TRUE ) ################################################### ### 代码块5号:CRISPRseek。Rnw:190-195 ################################################### offTargetAnalysis(inputFilePath, findgRNAsWithREcutOnly = TRUE, REpatternFile = REpatternFile, findPairedgRNAOnly = FALSE, BSgenomeName = Hsapiens, chromToSearch = "chrX"， txdb = txdb .Hsapiens. ucsc .hg19.)knownGene,马克斯。不匹配= 1,outputDir = outputDir覆盖= TRUE ) ################################################### ### 代码块6号:CRISPRseek。Rnw:208-213 ################################################### offTargetAnalysis(inputFilePath, findgRNAsWithREcutOnly = FALSE, REpatternFile = REpatternFile,findPairedgRNAOnly = FALSE, BSgenomeName = Hsapiens, chromToSearch = "chrX", txdb = TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene, max.mismatch = 1, outputDir = outputDir, overwrite = TRUE) ################################################### ### code chunk number 7: CRISPRseek.Rnw:225-233 ################################################### gRNAFilePath <- system.file('extdata', 'testHsap_GATA1_ex2_gRNA1.fa', package = 'CRISPRseek') offTargetAnalysis(inputFilePath = gRNAFilePath, findgRNAsWithREcutOnly = TRUE, REpatternFile = REpatternFile, findPairedgRNAOnly = FALSE, findgRNAs = FALSE, BSgenomeName = Hsapiens, chromToSearch = 'chrX', txdb = TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene, max.mismatch = 1, outputDir = outputDir, overwrite = TRUE) ################################################### ### code chunk number 8: CRISPRseek.Rnw:246-249 ################################################### offTargetAnalysis(inputFilePath, findgRNAsWithREcutOnly = TRUE, REpatternFile = REpatternFile,findPairedgRNAOnly = TRUE, chromToSearch = "", outputDir = outputDir, overwrite = TRUE) ################################################### ### code chunk number 9: CRISPRseek.Rnw:255-262 ################################################### inputFile1Path <- system.file("extdata", "rs362331C.fa", package = "CRISPRseek") inputFile2Path <- system.file("extdata", "rs362331T.fa", package = "CRISPRseek") REpatternFile <- system.file("extdata", "NEBenzymes.fa", package = "CRISPRseek") seqs <- compare2Sequences(inputFile1Path, inputFile2Path, outputDir = outputDir , REpatternFile = REpatternFile, overwrite = TRUE) seqs ################################################### ### code chunk number 10: CRISPRseek.Rnw:278-279 ################################################### sessionInfo()