0.99.1版本的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -用户可见的明显变化o Seqnames包功能,将从AnnotationDbi GenomicRanges o列表9功能从AnnotationDbi supportedSeqnameMappings, findSequenceRenamingMaps, supportedSeqnameStyles, supportedSeqnames, extractSeqnameSet, testSeqnames, isSupportedSeqnamesStyle, listAllSupportedStylesBySpecies listAllSupportedSeqnameStyles。o makeSeqnameIds从GenomicRanges o keepStandardChromosomes从GenomicRanges o重命名:keepStandardChromosomes - > o keepChromosomes新特性添加新功能:supportedOrganisms () supportedSeqnameMappingsWithGroup () extractSeqnameSetByGroup()版本0.99.6变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -阿新特性添加新功能()seqnamesInGroup将染色体的特征向量并返回指定的染色体组用户提供的参数。用户还可以给这个物种和风格。seqnamesOrder()内部调用Herve的功能makeSeqnameIds () o添加seqnameStyles通用和方法从GenomicRanges重要用户可见的变化o重命名:testSeqnames - > isSupportedSeqnames o SeqnamesStyle通用从GenomicRanges和定义一个新的方法,适用于一个特征向量。弃用和已经o轻视listAllSupportedStylesBySpecies (), listAllSupportedSeqnameStyles (), supportedOrganisms () supportedSeqnameMappingsWithGroup()弃用和内部使用(而不是出口)o轻视supportedSeqnameMappings (), supportedSeqnameStyles (), isSupportedSeqnamesStyle (), issupportedSeqnames()版本0.99.7变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -用户可见的明显变化o重命名:issupportedSeqnames - > .isSupportedSeqnames supportedSeqnameStyles - > .supportedSeqnameStyles supportedSeqnameMappings - > .supportedSeqnameMappings isSupportedSeqnamesStyle - > .isSupportedSeqnamesStyle 0.99.14版本的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -用户可见的明显变化o重命名:包:Seqnames - - > GenomeInfoDb supportedStyles - > genomeStyles makeSeqnameIds - - > rankSeqlevels(增加出口)seqnamesOrder——> orderSeqlevels extractSeqnameSet - > extractSeqlevels extractSeqnameSetByGroup - > extractSeqlevelsByGroup findSequenceRenamingMaps - - > mapSeqlevels seqnamesInGroup - - > seqlevelsInGroup seqnamesStyle seqnameStyle < - - > seqlevelsStyle”——“- - >”seqlevelsStyle < -”