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这个包是2.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅vsn。

微阵列数据的方差稳定化和校准

Bioconductor版本:2.14

包实现了正常化芯片强度的方法,内部之间的颜色数组,和数组之间。该方法使用一个健壮的变异最大似然估计量的微阵列数据的随机模型中描述的引用(见小插图)。模型包含数据校准(又名归一化),一个模型的依赖强度均值方差,方差稳定数据转换。差异转化强度类似于“log-ratios正常化”。然而,与后者相比,他们的方差是独立的意思是,他们通常更敏感和具体检测微分转录。

作者:沃尔夫冈•休伯从安雅•冯•Heydebreck与贡献。许多用户的评论和建议都承认,其中丹尼斯Kostka,大卫•Kreil汉斯克莱因,罗伯特先生,Deepayan Sarkar和戈登·史密斯。

维修工:沃尔夫冈·胡贝尔<胡贝尔在ebi.ac.uk >

安装

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文档

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browseVignettes (“vsn”)

PDF	R脚本	介绍vsn
PDF	R脚本	可能性计算vsn
PDF	R脚本	与模拟数据验证和评估性能
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列,OneChannel,预处理,软件,TwoChannel
版本	3.32.0
Bioconductor自	BioC 1.6 (r - 2.1)或更早(> 11年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.10),Biobase(> = 2.5.5)
进口	方法,affy(> = 1.23.4),limma,晶格
链接
建议	affydata,hgu95av2cdf
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.r-project.orghttp://www.ebi.ac.uk/huber
取决于我	affyPara,cellHTS2,MmPalateMiRNA,webbioc
进口我	arrayQualityMetrics,imageHTS,LVSmiRNA,metaseqR,MSnbase,pvca,林格,tilingArray
建议我	adSplit,beadarray,BiocCaseStudies,cellHTS,DESeq,DESeq2,雌激素,ggbio,GlobalAncova,globaltest,limma,光民,《暮光之城》
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	vsn_3.32.0.tar.gz
Windows二进制	vsn_3.32.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	vsn_3.32.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	vsn_3.32.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/vsn/tree/release - 2.14
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/vsn/
包下载报告	下载数据